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æ„义
由于整个大æµè¡ŒæœŸé—´çš„æ•°æ®ä¸ä½³ï¼Œé¢„测 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚å—到了阻ç¢ã€‚我们引入了一个基于 COVID-19 ä½é™¢å’Œæ‰‹æœºç§»åŠ¨æ•°æ®é¢„测 COVID-19 ä¼ æ’å’Œä½é™¢çš„稳å¥æ¨¡åž‹ã€‚è¿™ç§æ–¹æ³•æ˜¯ç”±å¾·å…‹è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€å¸‚çš„ COVID-19 市政工作组开å‘的,其ä¸åŒ…括公民领袖ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€åŒ»ç–—ä¿å¥é«˜ç®¡å’Œç§‘å¦å®¶ã€‚该模型被纳入æä¾›æ¯æ—¥åŒ»ç–—ä¿å¥é¢„测的仪表æ¿ä¸ï¼Œä»Žè€Œæ高了公众æ„识,指导该市的分阶段è¦æŠ¥ç³»ç»Ÿä»¥é˜²æ¢æ— 法控制的 ICU 激增,并触å‘了替代护ç†ç«™ç‚¹çš„å¯åŠ¨ä»¥é€‚应医院溢出。
摘è¦
预测 COVID-19 çš„è´Ÿæ‹…å—到数æ®é™åˆ¶çš„阻ç¢ï¼Œç—…ä¾‹æŠ¥å‘Šå› æ£€æµ‹å®žè·µè€Œæœ‰å差,æ»äº¡äººæ•°è¿œè¿œè½åŽäºŽæ„ŸæŸ“,医院人å£æ™®æŸ¥åæ˜ äº†éšæ—¶é—´å˜åŒ–的患者访问ã€å…¥é™¢æ ‡å‡†å’Œäººå£ç»Ÿè®¡æ•°æ®ã€‚在这里,我们表明,ä½é™¢äººæ•°åŠ 上æµåŠ¨æ€§æ•°æ®å¯ä»¥å¯é 地预测严é‡æ€¥æ€§å‘¼å¸ç³»ç»Ÿç»¼åˆç—‡å† 状病毒 2 (SARS-CoV-2) çš„ä¼ æ’率和医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。使用指导德克è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€ç¼“解政ç–的预测模型,我们估计当地å†ç”Ÿæ•°çš„åˆå§‹ 7 天平å‡å€¼ä¸º 5.8(95% å¯ä¿¡åŒºé—´ [CrI]:3.6 至 7.9)并达到 0.65 的低点( 95% CrI:0.52 至 0.77)在 2020 å¹´å¤å£æ¿€å¢žä¹‹åŽã€‚估计病例检出率从一开始的 17.2%(95% CrI:11.8 到 22.1%)到高达 70%(95% CrI:64% 至 80%),2020 å¹´ 4 月至 2021 å¹´ 3 月 1 日期间感染率ä¿æŒåœ¨ 0.1% 以上,2021 å¹´ 1 月上旬达到 0.8% (0.7-0.9%) 的峰值。æµåŠ¨æ€§ä¸Žä¼ æ’之间的关系å‡å¼±ã€‚我们估计,与 2020 å¹´ 3 月相比,2021 å¹´ 2 æœˆä¸Žå‡ºè¡Œç›¸å…³çš„ä¼ æ’é™ä½Žäº† 62%(95% CrI:52% 至 68%)。在回顾性比较ä¸ï¼Œæˆ‘们æå‰ 1ã€2 å’Œ 3 周预测的 95% CrI 包å«åˆ†åˆ«å 报告数æ®çš„ 93.6%ã€89.9% å’Œ 87.7%。该模型由包括科å¦å®¶ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€æ”¿ç–制定者和医院高管在内的工作组开å‘,å¯ä»¥å¯é 地预测美国城市的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。2021 å¹´ 1 月上旬为 8% (0.7-0.9%)。éšç€é¢„防行为æ高了公共场所的安全性,æµåŠ¨æ€§ä¸Žä¼ æ’之间的关系å‡å¼±ã€‚我们估计,与 2020 å¹´ 3 月相比,2021 å¹´ 2 æœˆä¸Žå‡ºè¡Œç›¸å…³çš„ä¼ æ’é™ä½Žäº† 62%(95% CrI:52% 至 68%)。在回顾性比较ä¸ï¼Œæˆ‘们æå‰ 1ã€2 å’Œ 3 周预测的 95% CrI 包å«åˆ†åˆ«å 报告数æ®çš„ 93.6%ã€89.9% å’Œ 87.7%。该模型由包括科å¦å®¶ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€æ”¿ç–制定者和医院高管在内的工作组开å‘,å¯ä»¥å¯é 地预测美国城市的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。2021 å¹´ 1 月上旬为 8% (0.7-0.9%)。éšç€é¢„防行为æ高了公共场所的安全性,æµåŠ¨æ€§ä¸Žä¼ æ’之间的关系å‡å¼±ã€‚我们估计,与 2020 å¹´ 3 月相比,2021 å¹´ 2 æœˆä¸Žç§»åŠ¨ç›¸å…³çš„ä¼ æ’é™ä½Žäº† 62%(95% CrI:52% 至 68%)。在回顾性比较ä¸ï¼Œæˆ‘们æå‰ 1ã€2 å’Œ 3 周预测的 95% CrI 包å«åˆ†åˆ«å 报告数æ®çš„ 93.6%ã€89.9% å’Œ 87.7%。该模型由包括科å¦å®¶ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€æ”¿ç–制定者和医院高管在内的工作组开å‘,å¯ä»¥å¯é 地预测美国城市的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。与 2020 å¹´ 3 月相比,2021 å¹´ 2 月é™ä½Žäº† 52% 至 68%)。在回顾性比较ä¸ï¼Œæˆ‘们æå‰ 1ã€2 å’Œ 3 周预测的 95% CrIs 分别包å«æŠ¥å‘Šæ•°æ®çš„ 93.6%ã€89.9% å’Œ 87.7%。该模型由包括科å¦å®¶ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€æ”¿ç–制定者和医院高管在内的工作组开å‘,å¯ä»¥å¯é 地预测美国城市的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。与 2020 å¹´ 3 月相比,2021 å¹´ 2 月é™ä½Žäº† 52% 至 68%)。在回顾性比较ä¸ï¼Œæˆ‘们æå‰ 1ã€2 å’Œ 3 周预测的 95% CrIs 分别包å«æŠ¥å‘Šæ•°æ®çš„ 93.6%ã€89.9% å’Œ 87.7%。该模型由包括科å¦å®¶ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€æ”¿ç–制定者和医院高管在内的工作组开å‘,å¯ä»¥å¯é 地预测美国城市的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚。
éšç€ 2020 å¹´åˆåœ¨ç¾Žå›½å‡ºçŽ° COVID-19 大æµè¡Œï¼Œæ”¿ç–制定者被迫在有关致病病毒(严é‡æ€¥æ€§å‘¼å¸ç»¼åˆå¾å† 状病毒 2 [SARS-CoV -2])。公共å«ç”Ÿæœºæž„å’Œç ”ç©¶æœºæž„è¿…é€Ÿå¼€å‘了仪表æ¿ï¼Œä»¥ä½¿ç”¨æ— æ•°æ•°æ®æº (1-8) 在多个空间尺度上跟踪和预测 COVID-19 病例ã€ä½é™¢å’Œæ»äº¡çŽ‡ã€‚早期的政ç–å“应å‚考了å¯å…¬å¼€èŽ·å¾—的州或国家 COVID-19æ»äº¡çŽ‡é¢„测。éšç€å¤§æµè¡Œç—…的进程在美国å„地出现分æ§ï¼Œå†³ç–者越æ¥è¶Šå¤šåœ°è·Ÿè¸ªå’Œå“应他们自己社区的趋势。
公众对 COVID-19 预测的需求和新形å¼æ•°æ®çš„å¯ç”¨æ€§æŽ¨åŠ¨äº†å¤§æµè¡Œå»ºæ¨¡çš„快速å‘展。å¥åº·æŒ‡æ ‡ä¸Žè¯„ä¼°ç ”ç©¶æ‰€ (IHME) 于 2020 å¹´ 3 月 26 日推出了最早和最广泛引用的 COVID-19 预测仪表æ¿ä¹‹ä¸€ã€‚ç™½å®«å† çŠ¶ç—…æ¯’ç‰¹åˆ«å·¥ä½œç»„äºŽ 2020 å¹´ 3 月 29 日首次引用IHME的预测,当时建议将就地é¿éš¾ä»¤å»¶é•¿ä¸€ä¸ªæœˆã€‚SafeGraph å’Œ Cuebiq ç‰æ•°æ®å…¬å¸å·²å‘ç ”ç©¶ç•Œå…è´¹æ供大é‡ç²¾ç»†ç§»åŠ¨æ•°æ®ï¼Œç”¨äºŽè¡¨å¾ä¸æ–å˜åŒ–的行为模å¼åŠå…¶å¯¹ SARS-CoV-2 ä¼ æ’çš„å½±å“。约翰éœæ™®é‡‘斯大å¦å’Œçº½çº¦æ—¶æŠ¥çŽ‡å…ˆå…¬å¼€è·Ÿè¸ªæ•´ä¸ªå¤§æµè¡ŒæœŸé—´çš„关键数æ®ã€‚截至 2021å¹´6 月,自愿维护的网站æä¾›æ¯æ—¥è®¿é—®åŽ¿çº§ç—…例和æ»äº¡çŽ‡è®¡æ•° ã€å·žç«‹åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥å’Œæ£€æµ‹è®¡æ•°ã€æµè¡Œç—…å¦è¡Œä¸ºè°ƒæŸ¥ã€åŸºå› 组数æ®ã€åŒ¿å病例信æ¯ä»¥åŠæ”¿åºœæ”¿ç–和应对措施。自 2020 å¹´ 12 月以æ¥ï¼Œç¾Žå›½å«ç”Ÿä¸Žå…¬ä¼—æœåŠ¡éƒ¨å’Œç–¾ç—…控制与预防ä¸å¿ƒ (CDC) æ供了设施级医疗ä¿å¥ä½¿ç”¨ç»Ÿè®¡æ•°æ®ã€‚
éšç€æµ‹è¯•ã€åŒ»ç–—ä¿å¥å’ŒæŠ¥å‘Šå®žè·µçš„转å˜ï¼ŒCOVID-19 æ•°æ®çš„è´¨é‡éšç€æ—¶é—´å’Œäººç¾¤çš„å˜åŒ–而å˜åŒ–。在我们的观察过程ä¸è€ƒè™‘å差对于æä¾›å¯é çš„æ€åŠ¿æ„ŸçŸ¥ã€è°ƒæŸ¥æµè¡Œç—…é©±åŠ¨å› ç´ å’Œé£Žé™©ä»¥åŠå‡†ç¡®é¢„测至关é‡è¦ã€‚病例数和测试阳性å¯ä»¥è¡¨æ˜Žä¸æ–å˜åŒ–çš„é£Žé™©ï¼Œä½†é€šå¸¸ä¼šå› æµ‹è¯•å·¥ä½œå’Œä¼˜å…ˆçº§çš„åœ°ç†å’Œæ—¶é—´å˜åŒ–而产生å差。例如,当 COVID-19 抗原检测最åˆåˆ†å‘ç»™å¦æ ¡å’Œé•¿æœŸæŠ¤ç†æœºæž„进行主动ç›æŸ¥æ—¶ï¼Œä¸€äº›å·žæŠ¥å‘Šäº†æŠ—原和 PCR 组åˆæ£€æµ‹ç»“果,而å¦ä¸€äº›å·žåˆ™æ²¡æœ‰ã€‚虽然 COVID-19 æ»äº¡çŽ‡å¯èƒ½è¢«ä½Žä¼°ï¼Œå®ƒä»¬æ˜¯å›½å®¶é¢„测工作感兴趣的高优先级结果,并且å¯ä»¥æä¾›è¿‡åŽ»ä¼ è¾“çš„æœ€å‡†ç¡®ä½†æ˜¾ç€å»¶è¿Ÿçš„ä¿¡å·ã€‚通常,病例和æ»äº¡çŽ‡è®¡æ•°ä¼šè¢«è”åˆåˆ†æžï¼Œä»¥å‡å°‘延误和å差。COVID-19 医疗ä¿å¥æ•°æ®ï¼ŒåŒ…括入院ã€äººå£æ™®æŸ¥å’Œ ICU 使用情况,以更çŸçš„滞åŽæä¾›æ»äº¡çŽ‡æ•°æ®çš„ä¿çœŸåº¦ï¼ŒåŒæ—¶è¿˜æ供医疗资æºéœ€æ±‚çš„å³æ—¶æŒ‡ç¤ºã€‚例如,COVID-19 ä½é™¢æ²»ç–—已被用于估计éžè¯ç‰©å¹²é¢„çš„å½±å“,æ供医疗ä¿å¥éœ€æ±‚预测,并指导缓解政ç–。然而,这些数æ®å¯èƒ½ä¼šå› COVID-19 患者人å£ç»Ÿè®¡æ•°æ®çš„å˜åŒ–ã€æ¿€å¢žæœŸé—´å…¥é™¢æ ‡å‡†çš„å˜åŒ–以åŠæ€¥æ€§åŽæŠ¤ç†è®¾æ–½çš„å¯ç”¨æ€§è€Œäº§ç”Ÿå差。
å¾·å…‹è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€å¸‚的市政 COVID-19 工作组开å‘了一个 COVID-19 医疗ä¿å¥é¢„测模型,该模型自 2020 å¹´ 4 月以æ¥ä¸€ç›´æŒ‡å¯¼åŒºåŸŸå¤§æµè¡Œåº”对措施。该模型旨在æ供有关ä¸æ–å˜åŒ–的大æµè¡Œçš„å¯é ã€å¯è®¿é—®å’Œå…¨é¢çš„ä¿¡æ¯æƒ…况。该模型使用全é¢çš„ COVID-19 ä½é™¢å’Œå‡ºé™¢æ•°æ®ä»¥åŠæ‰‹æœº GPS 轨迹,估计了过去政ç–和社区行为ã€å®žæ—¶æµè¡Œå’Œä¼ æ’风险以åŠæœªæ¥ COVID-19 ä½é™¢å’Œ ICU 需求的影å“ã€‚åœ¨è¿™é‡Œï¼Œæˆ‘ä»¬é€šè¿‡æ¯”è¾ƒæ›¿ä»£æŒ‡æ ‡çš„åŠæ—¶æ€§å’Œä¿çœŸåº¦æ¥é¼“励我们使用入院数æ®ï¼Œç„¶åŽåº”用该模型æ¥æè¿° COVID-19 大æµè¡Œçš„第一年的æ¯æ—¥ SARS-CoV-2 æµè¡ŒçŽ‡ã€ä¼ æ’率ã€ç—…例检出率,以åŠç§»åŠ¨æ€§å’Œä¼ 输之间的相关性。然åŽï¼Œæˆ‘们检查关键政ç–和行为转å˜å¯¹è¿™äº›è¶‹åŠ¿çš„å½±å“,并回顾性评估我们æå‰ 3 周的 COVID-19 医疗ä¿å¥é¢„测的表现。这些分æžäº§ç”Ÿäº†ä¸¤ä¸ªå…¬å…±ä»ªè¡¨æ¿ï¼Œä¸€ä¸ªè·Ÿè¸ªæ¥è‡ªæ‰€æœ‰åœ°åŒºåŒ»é™¢çš„æ¯æ—¥ COVID-19 入院情况和å¦ä¸€ä¸ªæä¾› COVID-19 医疗ä¿å¥é¢„测。两者自 2020 年春å£ä»¥æ¥ä¸€ç›´ä¿æŒä¸å˜ï¼Œå¹¶ç»§ç»æŒ‡å¯¼ç¾Žå›½å‘展最快的大城市的风险æ„识ã€ç¼“解政ç–和医疗资æºåˆ†é…,大都市区人å£æŽ¥è¿‘ 230 万。
结果
从 2020 å¹´ 3 月 13 日到 2021 å¹´ 2 月 28 日,奥斯汀-朗德罗克大都会统计区 (MSA) çš„ COVID-19 病例数ã€ä½é™¢äººæ•°ã€åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥ã€ICU 人å£æ™®æŸ¥å’Œæ»äº¡äººæ•°çš„视觉比较æ示了æŒç»çš„滞åŽå’Œä¸åŒç¨‹åº¦å¯å˜æ€§ï¼ˆå›¾ 1 A)。æ»äº¡äººæ•°å¾€å¾€è½åŽäºŽå…¶ä»–å˜é‡æ•°å‘¨ï¼›ä¸‰ä¸ªåŒ»ç–—ä¿å¥å˜é‡â€”—ä½é™¢äººæ•°ã€åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥ï¼ˆåŒ…括普通和 ICU 患者)和 ICU 人å£æ™®æŸ¥â€”—比病例数更平稳,多周ä½é™¢å¯¼è‡´åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥å’Œ ICU 人å£æ™®æŸ¥åœ¨é«˜å³°åŽä¸‹é™å¾—更慢。å‡è®¾ç›‘æµ‹çš„ç›®æ ‡æ˜¯é¢„æµ‹ COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚,我们评估所有å˜é‡ä¸Ž COVID-19 医疗ä¿å¥ä½¿ç”¨æŒ‡æ ‡ï¼ˆå¦‚医院和 ICU 人å£æ™®æŸ¥ï¼‰ç›¸å…³çš„时间和强度(图 1 B)。病例数和ä½é™¢äººæ•°æ˜¯åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥çš„å¼ºæœ‰åŠ›çš„é¢†å…ˆæŒ‡æ ‡ï¼Œå…¶æœ€å¤§ç›¸å…³æ€§åˆ†åˆ«ä¸ºæå‰ 8 天和æå‰ 6 天 0.72(95% CI:0.66 至 0.77)和 0.95(95% CI:0.94 至 0.96)。他们还强烈预测 ICU 人å£æ™®æŸ¥ï¼Œç—…例数æå‰ 5 天达到 0.68(95% CI:0.62 到 0.74)的最大相关性,æå‰ 6 天ä½é™¢è¾¾åˆ° 0.94(95% CI:0.92 到 0.95)。监控数æ®ä¸çš„日常噪音会放大风险评估和沟通的ä¸ç¡®å®šæ€§ã€‚基于一维滞åŽè‡ªç›¸å…³ï¼Œæˆ‘们预计入院率(91%ï¼›95% CI:89 至 93%)比病例(58%ï¼›95% CI:50 至 64%)或æ»äº¡ï¼ˆ75%ï¼›95% CI:70 至 79%)。
图。1。
MSA å¾·å…‹è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€å¸‚ COVID-19 æ•°æ®æºçš„ä¿çœŸåº¦å’ŒåŠæ—¶æ€§ã€‚( A ) 确诊的 COVID-19 病例 ( 8 )ã€COVID-19 ä½é™¢äººæ•°ã€COVID-19 医院人å£æ™®æŸ¥ã€COVID-19 ICU 人å£æ™®æŸ¥å’Œ COVID-19 æ»äº¡çŽ‡çš„ 7 天滚动平å‡å€¼ã€‚时间åºåˆ—从零缩放到一。( B ) 所有候选预测å˜é‡ä¸Ž ICU 人å£æ™®æŸ¥åœ¨äº”个滞åŽé—´éš”(–14ã€â€“7ã€0ã€7 å’Œ 14 天)内的时间滞åŽç›¸å…³æ€§ã€‚误差线表示指定滞åŽçš„相关系数的 95% CI。负的x轴滞åŽå€¼æ„味ç€é¢„æµ‹å™¨é¢†å…ˆäºŽç›®æ ‡ï¼ˆç†æƒ³ï¼‰ï¼›æ£å€¼æ„味ç€é¢„测器滞åŽäºŽç›®æ ‡ã€‚
鉴于 COVID-19 ä½é™¢æ•°æ®ä¼˜äºŽæ›¿ä»£æŒ‡æ ‡çš„优势,我们æ出了一ç§é¢„测模型,该模型使用入院人数与手机 GPS æ•°æ®ç›¸ç»“åˆæ¥ä¼°è®¡æœ¬åœ°ä¼ 输率并预测å³å°†åˆ°æ¥çš„医疗ä¿å¥æ¿€å¢žï¼ˆSI 附录,图 S1)。具体æ¥è¯´ï¼Œæˆ‘们使用粒å过滤æ¥æ‹Ÿåˆå¹´é¾„和风险结构的易感-暴露-感染-åº·å¤ (SEIR) 模型,以适应æ¯æ—¥æŠ¥å‘Šçš„ COVID-19 ä½é™¢ã€å‡ºé™¢å’Œä½é™¢æ»äº¡ï¼ˆæ料和方法)。为了æ•æ‰å› 政ç–和行为å˜åŒ–è€Œå¯¼è‡´çš„æš´éœ²çŽ‡æ— æ³•æµ‹é‡çš„å˜åŒ–,我们å‡è®¾ä¼ æ’率å–决于人å£æµåŠ¨æ€§ï¼ŒåŒæ—¶ä¼°è®¡æŽ§åˆ¶è¯¥å…³ç³»çš„时间相关回归系数(图 2 )。
图 2。
估计 2020 å¹´ 2 月 18 日至 2021 å¹´ 2 月 28 日期间 MSA å¾·å…‹è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€-朗德罗克 (Austin–Round Rock) çš„ COVID-19 大æµè¡ŒåŒ»ç–—ä¿å¥ã€æµåŠ¨æ€§å’Œæµè¡Œç—…å¦è¶‹åŠ¿ã€‚( A ) ä¸å€¼æ‹Ÿåˆï¼ˆçº¿ï¼‰å’Œè§‚察(点)æ¯æ—¥ COVID-19入院,ç°è‰²ä¸å¸¦è¡¨ç¤º 95% 的预测区间。( B ) å‰ä¸¤ä¸ªä¸»è¦æˆåˆ†æ¥è‡ª SafeGraph æ供的八个手机移动性å˜é‡ã€‚上图ä¸çš„黄色ã€æ©™è‰²å’Œçº¢è‰²é˜´å½±åˆ†åˆ«è¡¨ç¤º Austin MSA ä¸ COVID-19 è¦æŠ¥é˜¶æ®µ 3ã€4 å’Œ 5 的时间。( C ) 估计的 7 天平å‡å†ç”Ÿæ•° ( Rt ),ç°è‰²95% å¯ä¿¡å¸¦ã€‚(SI附录,图 S4 显示了大æµè¡ŒåˆæœŸçš„å…¨èŒƒå›´å€¼ã€‚ï¼‰æ–‡æœ¬æ¡†æ ‡è®°äº†å…³é”®çš„æ”¿ç–å˜åŒ–å’Œæµè¡Œç—…å¦äº‹ä»¶ï¼ˆè¯¦è§SI 附录,表 S7),缩写如下:SH-WS 表示 2020 å¹´ 3 月 24 日的逗留家åº-工作安全秩åºï¼›UT 表示德克è¨æ–¯å¤§å¦å¥¥æ–¯æ±€åˆ†æ ¡ï¼›AISD 表示奥斯汀最大的公立å¦æ ¡ç³»ç»Ÿï¼Œå¥¥æ–¯æ±€ç‹¬ç«‹å¦åŒºï¼›ACS 表示在会议ä¸å¿ƒå»ºç«‹çš„替代护ç†ç«™ç‚¹ï¼Œä»¥æ‰©å¤§åŒ»ç–—ä¿å¥èƒ½åŠ›ï¼›GA-32 表示德克è¨æ–¯å·žæ ¹æ® COVID-19 医疗ä¿å¥ä½¿ç”¨é™åˆ¶é€‰æ‹©æ€§æ‰‹æœ¯ã€é…’å§å’Œé¤é¦†çš„命令。( D) 从 2020 å¹´ 2 月 19 日到 2021 å¹´ 3 月 1 æ—¥ï¼Œç›¸å¯¹äºŽåŸºçº¿è¡Œä¸ºçš„ä¼ æ’率。我们的模型ä¸æ–ä¼°è®¡ç§»åŠ¨æ€§å’Œä¼ æ’之间的这ç§å…³ç³»ï¼Œå› ä¸ºé¢„é˜²è¡Œä¸ºçš„å¢žåŠ å’Œå‡å°‘å¯ä»¥æ”¹å˜è¿™ç§å…³ç³»ã€‚该图将æ¯ä¸ªæ—¶é—´ç‚¹çš„ä¼°è®¡ä¼ æ’率与å‡è®¾è¡Œä¸ºæ²¡æœ‰å˜åŒ–çš„å‡è®¾ä¼ æ’率进行了比较(å³ï¼Œç§»åŠ¨æ€§å’Œä¼ æ’之间的关系ä¿æŒå›ºå®šåœ¨å¹¿æ³›é‡‡ç”¨ COVID-19 安全措施之å‰ä¼°è®¡çš„值)。æ£ï¼ˆè´Ÿï¼‰å€¼è¡¨ç¤ºè§‚å¯Ÿåˆ°çš„ä¼ æ’率高于(低于)在预防行为ä¿æŒä¸å˜çš„æƒ…å†µä¸‹é¢„æœŸçš„ä¼ æ’率。阴影表示 95% çš„å¯ä¿¡é¢‘带。( E) 我们对 SARS-CoV-2 血清阳性率的预测(黑线,ç°è‰² 95% å¯ä¿¡æ¡å¸¦ï¼‰ä¸Žå¾·å…‹è¨æ–¯å·žèŒƒå›´å†…针对奥斯汀的血清阳性率调查的估计值(红点,95% 置信区间)之间的比较。( F ) 估计的æ¯å‘¨ç—…例报告率,ç°è‰² 95% å¯ä¿¡å¸¦ã€‚值对应于最终报告的给定日期( x轴)感染病例的比例。我们指出了数æ®å¼‚常,其ä¸ä¸€å¤©æŠ¥å‘Šäº†æ•°åƒä¸ªç§¯åŽ‹ç—…例,以åŠç¾éš¾æ€§å†¬å£å†»ç»“çš„å½±å“,扰乱了全市范围的测试和报告æ“作。
该模型产生的 COVID-19 ä½é™¢ä¼°è®¡å€¼åæ˜ äº†å¥¥æ–¯æ±€ MSA 从 2020 å¹´ 3 月 13 日到 2021 å¹´ 2 月 28 日期间观察到的数æ®ï¼ˆå›¾2A)。我们在åŒä¸€æ—¶æœŸè§‚察到 COVID-19 医院人å£æ™®æŸ¥ã€ICU 使用ã€å‡ºé™¢å’Œä½é™¢æ»äº¡çŽ‡æ–¹é¢çš„相似ä¿çœŸåº¦ï¼ˆSI 附录,图 S3)。我们估计大æµè¡ŒäºŽ 2020 å¹´ 2 月 19 日在奥斯汀出现(四分ä½è· [IQR]:2 月 13 日至 25 日),有效ç¹æ®–æ•° ( Rt ) 达到最大 7 天平å‡å€¼ 5.8(95% CrI å¯ä¿¡åŒºé—´[CrI]:3.6 至 7.9)3 月 5 日(SI 附录,图 S4)。继 3 月 13 日全市å¦æ ¡åœè¯¾å’Œ 2020 å¹´ 3 月 24 日居家工作安全令之åŽï¼ˆå¦‚图52ã€53 ) ,估计的å†ç”Ÿæ•°åœ¨4月6日下é™åˆ°0.91的临时低点(95% CrI:0.65至1.3)(图2C)。尽管到 4 月下旬ç¹æ®–æ•°é‡ä¿æŒç›¸å¯¹å¹³ç¨³ï¼Œä½† 95% CrI 的上é™ä»Žæœªä½ŽäºŽ 1。éµå¾ªç™½å®«å†æ¬¡å¼€æ”¾ç¾Žå›½çš„指导方针,德克è¨æ–¯å·žä»Ž 2020 å¹´ 5 月 1 日开始分阶段é‡æ–°å¼€æ”¾ã€‚å‡ å‘¨å†…ï¼Œä¼°è®¡çš„ SARS-CoV-2 ä¼ æ’å¼€å§‹å¢žåŠ ï¼Œåœ¨ 6 月 6 日达到峰值 1.7(95% CrI:1.3 至 2.0)。为了é制ä½é™¢äººæ•°ä¸Šå‡ï¼Œå¥¥æ–¯æ±€å¸‚é¢å¸ƒäº†æˆ´å£ç½©ä»¤å¹¶é™åˆ¶äº†èšé›†è§„模6 月 15 æ—¥ (57)。德克è¨æ–¯å·žå…¨å·žäºŽ 6 月 26 日关é—了酒å§ï¼Œå¹¶äºŽ 7 月 3 æ—¥é¢å¸ƒäº†å£ç½©ä»¤å’Œèšé›†é™åˆ¶ã€‚_ 大æµè¡ŒéšåŽè¿…速放缓至 7 月 19 日检测到的最低R t 0.65(95% CrI:0.52 至 0.77)。在 8 月ä¸æ—¬è‡³ 10 月ä¸æ—¬ï¼Œå¾·å…‹è¨æ–¯å¤§å¦å¼€å¦ï¼Œä¼°è®¡æœ‰ 30,000 å奥斯汀å¦ç”Ÿå‚åŠ æ··åˆæŒ‡ä»¤ï¼›æ‹¥æœ‰è¶…过 80,000 åå¦ç”Ÿçš„奥斯汀独立å¦åŒºæ¢å¤äº†å¯é€‰çš„é¢å¯¹é¢æ•™å¦ï¼›é…’å§åœ¨å…¨å·žèŒƒå›´å†…é‡æ–°å¼€æ”¾62 家。在æ¤æœŸé—´ï¼Œç¹æ®–æ•°é‡åœ¨ 10 月 31 日稳æ¥ä¸Šå‡è‡³ 1.3 的高ä½ï¼ˆ95% CrI:1.0 至 1.5),并且å¯èƒ½ä¸€ç›´ä¿æŒåœ¨ 1.0 或以上,直到 2021 å¹´ 1 月 18 日,产生了令人担忧的冬å£æ¿€å¢žã€‚
自 2020 å¹´ 5 月以æ¥ï¼Œè¯¥å¸‚维护了一个é¢å‘公众的仪表æ¿ï¼Œç”¨äºŽè·Ÿè¸ª COVID-19 入院的 7 天移动平å‡å€¼ï¼Œå¹¶ä¸ºæ¿€æ´»ä»Žç¬¬ 1 阶段(开放)到第 1 阶段的ä¸åŒè¦æŠ¥çº§åˆ«æ供明确的阈值5(é”å®šï¼‰ã€‚æ ¹æ®è¿™äº›è§¦å‘å› ç´ ï¼Œè¯¥å¸‚åœ¨ 2020 å¹´ 6 月 26 日至 2020 å¹´ 7 月 26 日期间制定了第 5 阶段以缓解å¤å£æ¿€å¢žï¼Œå¹¶åœ¨ 2020 å¹´ 12 月 23 日至 2021 å¹´ 2 月 9 日期间通过 COVID-19 ICU 人å£æ™®æŸ¥æ¥ç¼“解冬å£æ¿€å¢ž2021 å¹´ 1 月 12 日达到 190 人的峰值,仅比当地估计的 200 å患者容é‡å°‘。奥斯汀于 1 月 9 日在一个大型会议ä¸å¿ƒå¼€è®¾äº†ä¸€ä¸ªæ›¿ä»£æŠ¤ç†ç«™ç‚¹ï¼Œå¹¶äºŽ 1 月 10 日触å‘了该州的 GA-32 命令,该命令é™åˆ¶äº†é¤åŽ…容é‡å’Œé€‰æ‹©æ€§æ‰‹æœ¯ï¼Œæ¤å‰ COVID-19 患者超过该地区所有ä½é™¢æ‚£è€…çš„ 15%,æŒç»ä¸ƒè¿žç»å¤©æ•°ã€‚估计的ç¹æ®–æ•°é‡åœ¨ç¬¬ 5 阶段期间有所下é™ï¼Œåœ¨ 2 月 2 日达到最低 0.65(95% CrI:0.5 至 0.9)。
2020 年春å£å°±åœ°é¿éš¾ä»¤æœŸé—´ï¼Œä»¥åœ¨å®¶åº¦è¿‡çš„一天的比例和访问公共景点的次数æ¥è¡¡é‡çš„人å£æµåŠ¨æ€§æ€¥å‰§ä¸‹é™ï¼Œç„¶åŽå‡ºçŽ°äº†è·Ÿè¸ªå½“地 COVID-19 政ç–å’Œæµè¡Œç—…å¦çš„波动趋势(图 2 B)。在通过主æˆåˆ†åˆ†æžé™ä½Žå…«ä¸ªæµåŠ¨æ€§å˜é‡çš„维度åŽï¼Œæˆ‘们å‘现第一个主æˆåˆ†æ¸…楚地åæ˜ äº†å·²çŸ¥çš„å‡æœŸå’Œå…¶ä»–异常时期,包括感æ©èŠ‚ã€åœ£è¯žèŠ‚å’Œ 2021 å¹´ 2 月德克è¨æ–¯å·žçš„ç¾éš¾æ€§å†¬å£é£Žæš´ï¼Œè¯¥é£Žæš´è¿«ä½¿è®¸å¤šå±…æ°‘é¿éš¾åˆ°ä½ã€‚当地 K-12 å¦åŒºå’Œå¾·å…‹è¨æ–¯å¤§å¦å¥¥æ–¯æ±€åˆ†æ ¡çš„å¦æœ¯æ—¥åŽ†åæ˜ åœ¨æ ¡å›è®¿é—®é¢‘率的å˜åŒ–ä¸ï¼Œä½†å¯¹ä¸»æˆåˆ†åˆ†æžä¸åæ˜ çš„æ•´ä½“æµåŠ¨è¶‹åŠ¿å½±å“ä¸å¤§ï¼ˆSI 附录,图 S6 )。酒å§å’Œé¤åŽ…访问é‡çš„波动åŒæ ·åæ˜ äº† COVID-19 é™åˆ¶çš„å˜åŒ–。
当一个社区采å–预防措施æ¥é™ä½Žå…¬å…±åœºæ‰€çš„ä¼ æ’风险——如戴å£ç½©ã€ä¿æŒèº«ä½“è·ç¦»å’Œä¸»åŠ¨æ£€æµ‹â€”—æµåŠ¨æ€§ä¸Žä¼ æ’之间的关系å¯èƒ½ä¼šå‡å¼±ï¼›ç›¸åŒçº§åˆ«çš„移动性å¯èƒ½å¯¹åº”äºŽè¾ƒä½Žçº§åˆ«çš„ä¼ è¾“ã€‚å½“ç¤¾åŒºæ”¾æ¾æ¤ç±»æŽªæ–½æ—¶ï¼Œå¯èƒ½ä¼šå‘生相å的情况。我们通过模拟一ç§å事实情景æ¥é—´æŽ¥ä¼°è®¡è¿™ç§é¢„防行为的å˜åŒ–,其ä¸æµåŠ¨æ€§å’Œä¼ æ’之间的关系固定在从 2020 å¹´ 3 月 13 日开始的第 4 周(å³é¦–次报告入院之日)开始的估计水平。通过将得到的å‡è®¾ä¼ 输速率与最åˆè§‚å¯Ÿåˆ°çš„ä¼ è¾“é€ŸçŽ‡è¿›è¡Œæ¯”è¾ƒï¼Œæˆ‘ä»¬ä¼°è®¡äº†ç§»åŠ¨æ€§å’Œä¼ è¾“ä¹‹é—´çš„å˜åŒ–关系(图 2D )。我们估计,到 2021 å¹´ 2 月 14 日,与 2020 å¹´åˆç›¸æ¯”ï¼Œä¸Žç§»åŠ¨ç›¸å…³çš„ä¼ æ’å‡å°‘了 62%(95% CrI:52 至 68%)。
我们估计,截至 2021 å¹´ 2 月,15.9%(95% CrI:15.6 至 16.4%)的人å£å·²è¢«æ„ŸæŸ“,并通过 CDC 血清阳性率估计值验è¯äº†è¿™äº›ç»“果(图 2 E)(48)。SARS-CoV-2 的估计æµè¡ŒçŽ‡ï¼ŒåŒ…æ‹¬æ— ç—‡çŠ¶æ„ŸæŸ“è€…ï¼Œåœ¨ 2021 å¹´ 1 月上旬达到峰值 0.8%(0.7% 至 0.9%)(SI 附录,图 S9)。我们通过将预测的感染与观察到的病例数进行比较æ¥ä¼°è®¡éšæ—¶é—´å˜åŒ–的病例检测率。该比率从 2020 å¹´ 3 月的略低于 25% 到 2020 å¹´ 12 月的峰值 70% (8) (图 2 F)。2021 å¹´ 2 月 1 日,该市报告了近 6,000 èµ·å‡ ä¸ªæœˆå‰æœªæŠ¥å‘Šçš„病例;2 周åŽï¼Œç”±äºŽåŽ†å²æ€§çš„冰冻使这座城市陷入åœé¡¿ï¼ŒæŠ¥é“在很大程度上暂åœäº†ã€‚
自 2020 å¹´ 5 月 29 日以æ¥ï¼Œæˆ‘们æ¯å¤©éƒ½ä½¿ç”¨æ¤æ¨¡åž‹åœ¨å½“地政ç–制定者ã€åŒ»ç–—ä¿å¥ç³»ç»Ÿã€åª’体和公众广泛使用的仪表æ¿ä¸Šæä¾› 3 周的 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚预测。在回顾性验è¯ä¸ï¼Œæˆ‘们å‘现æ¯å¤©æŠ¥å‘Šçš„ COVID-19 医院人å£æ™®æŸ¥å€¼ä¸æœ‰ 92.9%ã€89.5% å’Œ 87.9% è½åœ¨æˆ‘们 1 周ã€2 周和 3 周的 95% 预测区间内投影,分别(图3)。对于 COVID-19 ICU æ•°æ®ï¼Œç›¸åº”çš„æ€§èƒ½æŒ‡æ ‡ä¸º 89.7%ã€88.1% å’Œ 87.0%。我们的模型倾å‘于高估 COVID-19 医疗ä¿å¥éœ€æ±‚,特别是在大æµè¡Œé«˜å³°æœŸï¼ˆå›¾ 3,黑色刻度线)。在å¤å£å’Œå†¬å£é«˜å³°æœŸï¼Œé¢„测表明该市å¯èƒ½ä¼šè€—尽当地 ICU 容é‡ï¼Œä½†ä¸ä¼šè€—尽医院一般床ä½å®¹é‡ã€‚
图 3。
从 2020 å¹´ 3 月 12 日到 2021 å¹´ 2 月 1 日,奥斯汀地区 COVID-19 ä½é™¢å’Œ ICU 预测的回顾性验è¯ã€‚(Aå’ŒB)预测和观察到的(A)COVID-19 医院人å£æ™®æŸ¥å’Œï¼ˆB)COVID-19 ICU 的比较人å£æ™®æŸ¥ã€‚è“线和点在整个大æµè¡ŒæœŸé—´çš„ 14 个时间点æä¾› 2 周预测,预测间隔为 95%;黑点是报告数æ®ã€‚底部的黑色刻度线表示我们的 30 个最差预测,å³è§‚察值与我们 2 周å‰é¢„测值之间å˜åœ¨è¾ƒå¤§å·®å¼‚的日期。( Cå’ŒD ) 预测 (ä¸ä½æ•°) 与观察 ( C ) 医院或 ( D) ICU COVID-19 人å£æ™®æŸ¥ã€‚颜色表示æ¯ä¸ªé¢„测的时间范围;对角线表示预测值ç‰äºŽè§‚测值。
我们将我们模型的预测性能与三个替代模型进行比较——一个简å•çš„éšæœºæ¸¸èµ°ã€ä¸€ä¸ªè‡ªåŠ¨è‡ªå›žå½’综åˆç§»åŠ¨å¹³å‡ (ARIMA) 模型,以åŠæˆ‘们模型的一个简å•ç‰ˆæœ¬ï¼Œå®ƒçœç•¥äº†ç§»åŠ¨åå˜é‡ï¼ˆå›¾ 1)。 4)。对于我们模型的éžç§»åŠ¨ç‰ˆæœ¬ï¼Œåœ¨ 1 周ã€2 周和 3 周预测范围内,95% 预测区间内的观测数æ®ç‚¹æ¯”例最高(SI 附录,图 S10)。我们的完整模型与æ¥è‡ª CDC 国家 COVID-19 医疗ä¿å¥é¢„测ä¸å¿ƒçš„集æˆæ¨¡åž‹çš„性能相当,并且优于更简å•çš„éšæœºæ¸¸èµ°å’Œ ARIMA 模型(SI 附录,图 S10 A)。这四个模型在其(ä¸å€¼ï¼‰ç‚¹ä¼°è®¡ä¸å®žçŽ°äº†å¯æ¯”的误差水平(SI 附录,图 S10 B)。但是,这些汇总统计数æ®å¹¶æœªåæ˜ æ¨¡åž‹ä¹‹é—´éšæ—¶é—´å˜åŒ–的性能差异。我们的完整模型在大æµè¡Œæ¿€å¢žæœŸé—´æ供了最高的精度和准确度(图 4å’ŒSI 附录,图 S11 å’Œ S12)。尽管这两个简å•çš„统计模型在相对稳定期间æä¾›äº†é«˜åº¦å‡†ç¡®ï¼ˆå’Œç²¾ç¡®ï¼‰çš„é¢„æµ‹ï¼Œä½†å®ƒä»¬æ— æ³•é¢„æµ‹æŒ‡æ•°å¢žé•¿å’Œå¿«é€Ÿä¸‹é™ã€‚我们的模型在å‡å°‘ä¸ç¡®å®šæ€§ï¼ˆæ供更窄的预测间隔)方é¢ä¼˜äºŽéžæµåŠ¨ç‰ˆæœ¬ï¼Œç‰¹åˆ«æ˜¯åœ¨å…³é”®çš„æµè¡Œç—…å˜åŒ–点。
图 4。
从 2020 å¹´ 4 月 1 日到 2021 å¹´ 2 月 1 日,四个模型的æå‰ 1 周 COVID-19 ICU 预测的比较。观察到的数æ®ï¼ˆé»‘点)å åŠ åœ¨ä½¿ç”¨ ( A ) éšæœºæ¸¸èµ°æ¨¡åž‹çš„预测上,( B )自动生æˆçš„ ARIMA 模型,(C)我们模型的简化版本,çœç•¥äº†ç§»åŠ¨åå˜é‡ï¼Œä»¥åŠï¼ˆD)我们模型的完整版本。è“线和阴影分别代表 1,000 个éšæœºé¢„测的ä¸å€¼å’Œ 95% 预测区间。x轴上的刻度线表示观察到的 ICU 使用率超出 1 周æå‰ 95% 预测区间的天数。水平虚线表示奥斯汀都会区 200 å¼ ç—…åºŠçš„ä¼°è®¡ ICU 容é‡ã€‚
讨论
通过奥斯汀-朗德罗克大都市区的政ç–制定者ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå®˜å‘˜ã€åŒ»ç–—ä¿å¥ç³»ç»Ÿå’Œç§‘å¦å®¶ä¹‹é—´çš„独特åˆä½œï¼Œæˆ‘们开å‘了一个çµæ´»çš„大æµè¡Œç›‘测和医疗ä¿å¥é¢„测模型,一年多以æ¥ä¸€ç›´æŒ‡å¯¼å½“地的 COVID-19 应对工作。æ¯æ—¥é¢„测促æˆäº†å…³é”®çš„大æµè¡Œå†³å®šï¼ŒåŒ…括é¢å¸ƒæœ€åˆçš„居家-工作安全令ã€å£ç½©å¼ºåˆ¶ä»¤ä»¥åŠå¯åŠ¨æ›¿ä»£æŠ¤ç†è®¾æ–½ä»¥é€‚应医疗ä¿å¥æº¢å‡ºã€‚在整个大æµè¡ŒæœŸé—´ï¼ŒåŸŽå¸‚领导层和地方新闻机构ç»å¸¸å¼•ç”¨æˆ‘们的模型输出æ¥ä¼ 达风险并å‘公众解释政ç–å˜åŒ–。
尽管早期的 COVID-19 é£Žé™©è¯„ä¼°å’Œé¢„æµ‹å‡ ä¹Žå®Œå…¨ä¾èµ–于 COVID-19 病例和æ»äº¡çŽ‡æ•°æ®ï¼Œä½†æˆ‘们å‘现 COVID-19 ä½é™¢å¯ä»¥æ›´å‡†ç¡®å’ŒåŠæ—¶åœ°è¡¨æ˜Žè¿‘æœŸä¼ æ’å’Œå³å°†ä½¿ç”¨çš„医疗ä¿å¥ã€‚鉴于感染和症状å‘ä½œä¹‹é—´çš„å¹³å‡ 5.2 天以åŠä»Žç—‡çŠ¶å‘ä½œåˆ°å…¥é™¢çš„å¹³å‡ 5.9 天,我们预计入院数æ®æ¯”感染滞åŽå¤§çº¦ 11 天到 12 天,尽管在感染的时间过程ä¸å˜åœ¨æ˜¾ç€çš„个体差异。如果病例在症状出现åŽæˆ–什至在症状出现之å‰ç«‹å³å¯»æ±‚检测并获得快速结果,病例计数å¯ä»¥æ供更直接的å‘病率信å·ã€‚然而,在整个大æµè¡ŒæœŸé—´ï¼Œç¾Žå›½çš„检测一直å—到åè§å’Œå»¶è¯¯çš„困扰,包括访问å—é™ã€å…¬å…±å«ç”ŸæŒ‡å¯¼è¦ç‰åˆ°ç—‡çŠ¶å‡ºçŽ°åŽä»¥åŠå®žéªŒå®¤å¤„ç†å’ŒæŠ¥å‘Šçš„长期滞åŽã€‚考虑到从感染到症状å‘作到寻求检测到收到检测结果的延迟顺åºï¼Œæˆ‘们预计病例数æ®å°†æ˜¾ç¤ºå‡ºä¸Žå…¥é™¢æ•°æ®ç›¸ä¼¼çš„ 11 到 12 天的延迟。2020 å¹´ 9 月的一项全国调查表明,病例在首次出现症状åŽå¹³å‡ 2.5 天寻求检测,平å‡ç‰å¾… 3.7 天æ‰èƒ½æ”¶åˆ°ç»“果。æ¤å¤–,由于ä¸åŒçš„测试访问和å¯ç”¨æ€§ï¼Œç—…例计数数æ®ä¸€ç›´è¡¨çŽ°å‡ºç§æ—ã€æ°‘æ—和地ç†åè§ã€‚å› æ¤ï¼Œä¸Žç—…例数æ®ç›¸æ¯”,入院æ供了åŒæ ·æ»žåŽä½†å¯èƒ½è¾ƒå°‘åå‘çš„è¿‘æœŸä¼ æ’ä¿¡å·ã€‚尽管 COVID-19 入院人数有用,但这些数æ®ç›´åˆ°å¤§æµè¡Œ 9 个月åŽæ‰åœ¨ç¾Žå›½å¹¿æ³›å¯ç”¨ã€‚部分挑战在于 COVID-19 的状æ€åœ¨å…¥é™¢æ—¶å¹¶ä¸æ€»æ˜¯å·²çŸ¥çš„,尤其是在大æµè¡ŒåˆæœŸï¼Œå½“时诊æ–资æºæœ‰é™ã€‚在奥斯汀,当 SARS-CoV-2 确认延迟时,医院å¶å°”会追溯更新入院人数。
我们估计,在大æµè¡ŒåˆæœŸï¼ŒSARS-CoV-2 çš„ç¹æ®–æ•° ( Rt ) 达到 5.8(95% CrI:3.6 至 7.9)。虽然很高,但与之å‰å…¬å¸ƒçš„ä¼°è®¡å€¼ä¸€è‡´ã€‚å…¶ä»–åŸŽå¸‚çš„ç±»ä¼¼ä¼°è®¡è¢«å½’å› äºŽè¶…çº§ä¼ æ’事件,我们没有明确建模。我们注æ„到,我们的估计对 COVID-19 在奥斯汀出现的时间很æ•æ„Ÿã€‚如果我们å‡è®¾æœ€åˆçš„病例是在 2020 å¹´ 1 月 20 日而ä¸æ˜¯ 2020 å¹´ 2 月 19 日到达(这是基于第一次 COVID-19 ä½é™¢çš„时间),那么我们估计最大R t4.5 (95% CrI: 3.0 到 6.4)。然而,在 2020 å¹´ 3 月 13 日之åŽï¼Œå½“ COVID-19 医疗ä¿å¥æ•°æ®å¯ç”¨æ—¶ï¼Œä¼°è®¡å€¼è¿…速收敛(SI 附录,图 S5)。
我们估计病例检出率å˜åŒ–很大,从一开始报告的病例ä¸åˆ° 20% 到自 2021 å¹´åˆä»¥æ¥æŠ¥å‘Šçš„一åŠä»¥ä¸Šä¸ç‰ã€‚è¿™ç§å˜åŒ–å¯èƒ½åæ˜ äº†ä¸æ–å˜åŒ–的测试优先级ã€æŠ€æœ¯å’Œè®¿é—®ä»¥åŠå˜åŒ–在测试寻求由æ惧和有效的公共å«ç”Ÿæ²Ÿé€šé©±åŠ¨çš„行为。然而,这些全市范围内的平å‡å€¼å¹¶æ²¡æœ‰åæ˜ æµ‹è¯•è¡Œä¸ºä¸çš„人å£å’Œåœ°ç†å¼‚质性。例如,与æˆäººç›¸æ¯”,儿童出现症状和寻求检测的å¯èƒ½æ€§è¦å°å¾—多,尽管一些ç§ç«‹å¦æ ¡è§„定æ¯å‘¨æˆ–更频ç¹åœ°å¯¹æ‰€æœ‰å¦ç”Ÿå’Œæ•™èŒå‘˜å·¥è¿›è¡Œæ£€æµ‹ã€‚å¾·å…‹è¨æ–¯å¤§å¦å¥¥æ–¯æ±€åˆ†æ ¡çš„人å£åœ¨å…¨å¸‚范围内的测试数æ®ä¸ä¹ŸåŒæ ·å多,他们的主动测试计划在 2020-2021 å¦å¹´æœŸé—´å¹³å‡æ¯å¤©ç›æŸ¥ 340 åå¦ç”Ÿå’Œæ•™èŒå‘˜å·¥ã€‚
我们对奥斯汀 COVID-19 感染的回顾性估计与血清阳性率数æ®ä¸€è‡´ã€‚就在 2021 å¹´å¤å£å¥¥æ–¯æ±€å‡ºçŽ° Delta å˜ç§ä¹‹å‰ï¼Œæˆ‘们估计奥斯汀地区ä¸åˆ° 20% 的人å£å—到感染,58% çš„ 16 å²ä»¥ä¸Šæˆå¹´äººè‡³å°‘接å—过一剂 SARS-CoV -2 疫苗。由于疫苗摄å–抵消了 COVID-19 å˜ä½“çš„ä¼ æ’æ€§å¢žåŠ ï¼Œæˆ‘ä»¬çš„æ¨¡åž‹å¯ç”¨äºŽæŒç»ç›‘æµ‹å½“åœ°ä¼ æ’动æ€ã€‚展望未æ¥ï¼Œåƒæˆ‘ä»¬è¿™æ ·çš„é¢„æµ‹æ¨¡åž‹å¿…é¡»æ•´åˆé’ˆå¯¹é‡Žç”Ÿåž‹å’Œå˜å¼‚ SARS-CoV-2 病毒的感染获得性和疫苗获得性å…疫的动æ€ã€‚
与更简å•çš„机械和éžæœºæ¢°ç»Ÿè®¡æ¨¡åž‹ç›¸æ¯”,我们的预测模型表现良好。尽管考虑的四个模型实现了å¯æ¯”较的粗粒度性能统计,但我们的移动驱动机制模型æ供了围绕大æµè¡Œæ¿€å¢žçš„准确性和精确度的最佳组åˆï¼Œè€Œå¯é 的预测对于有效的医疗ä¿å¥ä¾›åº”ã€å…¬å…±å«ç”Ÿå“应和一般风险æ„识尤其é‡è¦. 从我们的模型ä¸åŽ»é™¤æµåŠ¨æ€§åå˜é‡ä¼šæ˜¾ç€å¢žåŠ 预测的ä¸ç¡®å®šæ€§ã€‚å°½ç®¡è¿™å¢žåŠ äº†è¦†ç›–çŽ‡ï¼ˆè§‚å¯Ÿå€¼åœ¨é¢„æµ‹åŒºé—´å†…çš„æ¯”ä¾‹ï¼‰ï¼Œä½†å®ƒæ˜¾ç€é™ä½Žäº†é¢„测的信æ¯é‡å’Œå…¬å…±å«ç”Ÿæ•ˆç”¨ã€‚自 2020 å¹´ 5 月起。
2020 å¹´ 3 月,我们é‡åˆ°äº†æ„想ä¸åˆ°çš„技术挑战。在 COVID-19 大æµè¡Œä¹‹å‰ï¼Œå¤§å¤šæ•°å‘¼å¸é“ç—…æ¯’ä¼ æ’模型都å‡è®¾æ—¥å¸¸æŽ¥è§¦æ¨¡å¼ç›¸å½“稳定。最简å•çš„模型å‡è®¾äººå£æ˜¯å®Œå…¨åŒè´¨ä¸”æ··åˆè‰¯å¥½çš„,其他模型包å«æ¥è‡ªåŸºäºŽæ—¥è®°çš„调查 或从æµè¡Œç—…å¦æ•°æ®ä¸æŽ¨æ–出的特定年龄的接触模å¼ï¼Œè¿˜æœ‰ä¸€äº›æ¨¡åž‹å‡è®¾åŸºäºŽç¤¾ä¼šå¦æ•°æ®æºçš„å¤æ‚交互网络。全国范围内的就地é¿éš¾ä»¤æ‰“ç ´äº†è¿™äº›å‡è®¾ã€‚SafeGraph 和其他技术公å¸æ供的手机移动数æ®ä¸ºäº†è§£ä¸æ–å˜åŒ–的行为模å¼æ供了一个å³æ—¶ä¸”有价值的窗å£ã€‚在大æµè¡ŒåˆæœŸï¼Œæ‰‹æœº GPS æ•°æ®åæ˜ äº† COVID-19 政ç–å¹¶ä¸Žä¼ è¾“çŽ‡ç›¸å…³ã€‚æˆ‘ä»¬çš„æ¨¡åž‹æ¯”è¾ƒâ€”â€”æœ‰å’Œæ²¡æœ‰æµåŠ¨æ€§æ•°æ®â€”—进一æ¥è¡¨æ˜Žï¼ŒæµåŠ¨æ€§æ•°æ®å¯ä»¥ä¸ºä¸æ–å˜åŒ–的风险行为æ供直接和å¯é 的指示。然而,éšç€ç¤¾åŒºé‡‡å–和放æ¾é¢„防行为,æµåŠ¨æ€§å’Œä¼ æ’之间的关系å¯èƒ½ä¼šå‘生å˜åŒ–。为了æ•æ‰åˆ°è¿™ä¸€ç‚¹ï¼Œæˆ‘们估计了一个将奥斯汀的日常æµåŠ¨æ€§ä¸Žæ—¥å¸¸ä¼ æ’率è”系起æ¥çš„系数。数æ®è¡¨æ˜Žï¼Œä¸ŽæµåŠ¨æ€§ç›¸å…³çš„ä¼ æ’风险最åˆåœ¨ 2020 年春å£ä¸‹é™ï¼Œç„¶åŽåœ¨ç™½å®«å†æ¬¡å¼€æ”¾ç¾Žå›½è¿åŠ¨ä¹‹åŽé£™å‡ï¼Œå¹¶åœ¨ 8 月至 2020 年底之间缓慢上å‡ã€‚éšç€æ–°çš„行为信æ¯æ¥æºçš„出现,例如更精细的移动趋势ã€æ”¯æŒè“牙的è”系人追踪记录或自我报告的é¢éƒ¨è¦†ç›–使用情况,我们应该仔细考虑并(如果å¯èƒ½ï¼‰æ˜Žç¡®å»ºæ¨¡ç”¨äºŽæ”¶é›†æ•°æ®çš„è§‚å¯Ÿè¿‡ç¨‹å’Œå¡‘é€ å®ƒä»¬çš„è¡Œä¸ºåŠ¨æ€ã€‚
我们对奥斯汀ç»åŽ†çš„回顾性分æžæ供了有关 COVID-19 政ç–对风险影å“的轶事。值得注æ„的是,2020 å¹´ 5 月全州范围内的é‡æ–°å¼€æ”¾ä¼¼ä¹ŽåŠ©é•¿äº†å¤å£çš„主è¦æµªæ½®ã€‚政ç–放æ¾ã€è¡Œä¸ºç–²åŠ³ã€è¿”æ ¡ã€å¯’å‡ç‰ä¸€ç³»åˆ—现象在冬å£æ¿€å¢žä¹‹å‰å‡ºçŽ°ã€‚æœ€è¿‘çš„ç ”ç©¶é‡åŒ–了é¤åŽ…和酒å§é™åˆ¶ã€å¦æ ¡åœè¯¾å’Œå£ç½©å¼ºåˆ¶ä»¤å¯¹å½“地 SARS-CoV-2 ä¼ æ’çš„å½±å“。我们对奥斯汀 COVID-19 大æµè¡Œçš„ç ”ç©¶å¹¶æœªé˜æ˜Žæ¤ç±»æŽªæ–½çš„相对影å“,但为公共政ç–ã€äººç±»è¡Œä¸ºå’Œç—…æ¯’ä¼ æ’之间的动æ€ç›¸äº’作用æä¾›äº†ç›´è§‚çš„æ¡ˆä¾‹ç ”ç©¶ã€‚
在整个大æµè¡ŒæœŸé—´ï¼Œæˆ‘们已应用æ¤æ¨¡åž‹æ¥æ供关键 COVID-19 æŒ‡æ ‡çš„ä¼°è®¡å’Œæå‰ä¸€ä¸ªæœˆçš„ä½é™¢é¢„测。2020 å¹´ 4 月,我们开始æ¯å‘¨å¤šæ¬¡åœ¨åŸŽå¸‚工作组会议上æ供基于模型的预测。到 2020 å¹´ 6 月,我们实现了数æ®å¤„ç†å’Œç»Ÿè®¡æ‹Ÿåˆç¨‹åºçš„自动化,并推出了é¢å‘公众的仪表æ¿ã€‚é€šè¿‡ä¸ŽåŸŽå¸‚é¢†å¯¼å±‚å’Œå½“åœ°åª’ä½“æ•°æœˆçš„æŽ¥è§¦ï¼Œå¯¹æŒ‡æ ‡å’Œç»˜å›¾æ ¼å¼çš„选择进行了磨练。Austin-Round Rock MSA 仪表æ¿æ供了 95% CrIs çš„æ¯æ—¥å†ç”Ÿæ•°ã€å¤§æµè¡Œå¤„于增长阶段的概率(å³å†ç”Ÿæ•°é«˜äºŽ 1 çš„æ¦‚çŽ‡ï¼‰ä»¥åŠ 14 天的å‘病率å˜åŒ–百分比(SI 附录, æ— èŠ±æžœã€‚S14 å’Œ S15)。它还包括 COVID-19 ä½é™¢ã€åŒ»é™¢äººå£æ™®æŸ¥å’Œ ICU 人å£æ™®æŸ¥çš„时间åºåˆ—图,æ¯ä¸ªå›¾è¡¨éƒ½æ˜¾ç¤ºå¤§æµè¡Œå¼€å§‹æ—¶çš„æ•°æ®å’Œæ„大利é¢æ¡å›¾é¢„测,通过æè¿° 100 个ä¸åŒçš„éšæœºé¢„测æ¥ä¼ è¾¾ä¸ç¡®å®šæ€§ã€‚è¿™åœ¨è§†è§‰ä¸Šä¼ è¾¾äº†è´¨é‡ä¸åŒçš„未æ¥å¯èƒ½åŒæ ·å¯èƒ½ï¼Œå¹¶å¼ºè°ƒäº†æˆ‘们在整个大æµè¡ŒæœŸé—´ç”±äºŽæ•°æ®è´¨é‡é—®é¢˜ä»¥åŠæˆ‘ä»¬æ— æ³•é¢„æµ‹è¡Œä¸ºå’Œæ”¿åºœæ”¿ç–çš„å˜åŒ–而é¢ä¸´çš„相当大的ä¸ç¡®å®šæ€§ã€‚我们的回顾性绩效评估显示,95% çš„é¢„æµ‹åŒºé—´æ— æ³•æ•èŽ· 95% 的未æ¥æ•°æ®ã€‚具体æ¥è¯´ï¼Œè¯¥æ¨¡åž‹æœªèƒ½é¢„测导致在 7 月和 1 æœˆè§‚å¯Ÿåˆ°å³°å€¼çš„ä¼ æ’快速å‡é€Ÿã€‚éšç€ COVID-19 ä½é™¢äººæ•°çš„攀å‡ï¼Œå¸‚é¢†å¯¼åˆ¶å®šäº†æ›´ä¸¥æ ¼çš„æ”¿ç–,并积æžå‘å…¬ä¼—ä¼ è¾¾äº†æ‚²è§‚çš„é¢„æµ‹ï¼Œä»¥é¼“åŠ±é‡‡å–预防措施并éåˆ¶ä¼ æ’ã€‚äº‹å®žä¸Šï¼Œåœ¨å¥¥æ–¯æ±€è¿‡æ¸¡åˆ°æœ€ä¸¥æ ¼çš„ COVID-19 è¦æŠ¥é˜¶æ®µåŽä¸ä¹…,我们最大的预测错误集ä¸åœ¨ä¸¤ä¸ªå¤§æµè¡Œé«˜å³°é™„近。该模型ä¸ä¼šç›´æŽ¥æˆ–ç«‹å³æ•æ‰æ¤ç±»æ”¿ç–和行为å˜åŒ–ï¼Œè€Œæ˜¯æ ¹æ®æµåŠ¨æ€§å’Œä½é™¢æ•°æ®å»¶è¿Ÿä¼°è®¡å®ƒä»¬çš„å½±å“。我们对 COVID-19 æˆåŠŸå’Œå¤±è´¥çš„预测å¯èƒ½ä¼šæ¿€å‘新一代的æµè¡Œç—…å¦æ¨¡åž‹ï¼Œå…¶ä¸åŒ…括机械行为动力å¦ã€ç»„织决ç–制定以åŠç¤¾ä¼šå¦å’Œæµè¡Œç—…å¦åŠ¨åŠ›å¦ä¹‹é—´çš„å馈。
通过与该市的 COVID-19 工作组ã€å¾·å…‹è¨æ–¯å·žä¸éƒ¨çš„媒体ã€å½“地å¦åŒºå’Œå¤§å¦ã€ä¸»è¦åŒ»é™¢ç³»ç»Ÿå’Œç¤¾åŒºç»„织的讨论,我们相信仪表æ¿å·²æˆä¸ºå½“地领导层和居民值得信赖的日常试金石德克è¨æ–¯å·žå¥¥æ–¯æ±€ã€‚例如,该模型为决定在 2020 å¹´ 3 月é¢å¸ƒè¯¥å¸‚的“居家-工作安全â€å‘½ä»¤æ供了ä¾æ®ï¼Œè‡ª 2020 å¹´ 5 月以æ¥æŒ‡å¯¼æ”¿ç–的阶段性è¦æŠ¥ç³»ç»Ÿçš„设计 (43),æ供酒店房间作为隔离设施,以供ç»åŽ†æ— 家å¯å½’者和生活在èšé›†çŽ¯å¢ƒä¸çš„大å¦ç”Ÿï¼Œä»¥åŠåœ¨ä¼šè®®ä¸å¿ƒå¯åŠ¨æ›¿ä»£æŠ¤ç†ç«™ç‚¹ä»¥é€‚应医疗ä¿å¥æº¢å‡ºï¼Œä»¥åŠå…¨å¸‚大å¦å’Œå¦æ ¡çš„é‡æ–°å¼€æ”¾æ”¿ç–。å¯ä»¥è¯´ï¼Œè¿™é¡¹å·¥ä½œçš„主è¦ä»·å€¼åœ¨äºŽæ供对ä¸æ–å˜åŒ–的风险的共åŒé¢„测性ç†è§£ï¼Œå³ä½¿é¢„测并ä¸å®Œç¾Žã€‚
我们注æ„到我们模型的三个关键é™åˆ¶ã€‚首先,我们ä¸è€ƒè™‘è¶…çº§ä¼ æ’事件,这å¯èƒ½å¯¼è‡´æˆ‘们的模型低估未æ¥çš„é£Žé™©ï¼Œç‰¹åˆ«æ˜¯å¦‚æžœè¶…çº§ä¼ æ’事件å‘生在长期护ç†æœºæž„ä¸ã€‚我们的模型å¯èƒ½æ•æ‰åˆ°äº†è¶…çº§ä¼ æ’äº‹ä»¶å¯¼è‡´ä¼ è¾“é€ŸçŽ‡çªç„¶å˜åŒ–çš„å¯èƒ½æ€§ï¼›ç„¶è€Œï¼Œæœºæ¢°åœ°ç»“åˆè¿™ç§åŠ¨æ€å¯ä»¥æ高我们预测的精度。其次,我们å‡è®¾å¥¥æ–¯æ±€æ˜¯ä¸€ä¸ªæ··åˆè‰¯å¥½çš„人å£ï¼Œå› æ¤å¿½ç•¥äº†é‡è¦çš„异质性,例如长期护ç†è®¾æ–½å’ŒåŸŽå¸‚çš„æžç«¯ä¸œè¥¿æ–¹éš”离,大多数拉ä¸è£”社区的感染率è¦é«˜å¾—多和比大多数白人社区。将这ç§å¼‚质性纳入奥斯汀并仔细调整这些å‡è®¾ä»¥é€‚应其他城市å¯ä»¥å¤§å¤§æ”¹å–„预测并为更具战略针对性的缓解工作æ供信æ¯ã€‚最åŽï¼Œæˆ‘们对 SARS-CoV-2 å‘病率的估计对å‡è®¾çš„感染ä½é™¢çŽ‡å¾ˆæ•æ„Ÿï¼Œè¿™äº›ä½é™¢çŽ‡å› 年龄和å¥åº·äºšç»„而异,并且ä»ç„¶ä¸ç¡®å®šã€‚在这些å‚æ•°ä¸åŠ å…¥ä¸ç¡®å®šæ€§ï¼Œå°†å›´ç»•æˆ‘们对 SARS-CoV-2 å‘病率和病例报告率的估计产生更广泛ã€å¯ä»¥è¯´æ›´åˆç†çš„å¯ä¿¡åŒºé—´ã€‚éšç€æ›´å¥½çš„æ•°æ®å¯ç”¨ï¼Œé€šè¿‡è¡€æ¸…å¦è°ƒæŸ¥å’Œå‰çž»æ€§ç ”究,这些å‚æ•°å¯ä»¥å¾ˆå®¹æ˜“地更新。
ç«‹å³ã€å¯é 和全é¢åœ°è®¿é—® SARS-CoV-2 ä½é™¢ã€ç–«è‹—接ç§å’Œåˆ†å监测数æ®â€”—所有这些数æ®éƒ½æ”¶é›†åœ¨ç¾Žå›½å„地的电åæ•°æ®åº“ä¸â€”—对于实时风险评估ã€å¯é 预测和,最é‡è¦çš„是个人ã€ç»„织和政府机构的有效决ç–。将æ¤ç±»æ•°æ®è½¬åŒ–为å¯è§£é‡Šçš„æŒ‡æ ‡å’Œå¯è®¿é—®çš„图表å¯ä»¥æ”¹å–„利益相关者之间的å调并鼓励公众å‚与。我们的模型旨在为美国å„地社区的公众和政ç–制定者æ供这ç§å›žé¡¾æ€§çš„洞察力和å¯æ“作的指导。
æ料和方法æµè¡Œç—…å¦æ¨¡åž‹ã€‚
我们使用年龄和风险结构的 SEIR 模型,该模型包å«æ— ç—‡çŠ¶å’Œæœ‰ç—‡çŠ¶çš„ä¼ æ’ã€ä½é™¢å’Œæ»äº¡çŽ‡ã€‚人å£ç»Ÿè®¡å’Œé£Žé™©ç»“构基于 Austin-Round Rock MSA 的估计值(SI 附录,图 S2 和表 S4-S6),SARS-CoV-2 的自然å²éµå¾ªå·²å‘表的估计值(SI 附录,表 S1- S3)ã€‚ä¼ è¾“çŽ‡ç”±åŒºåŸŸæµåŠ¨æ€§é©±åŠ¨ï¼ŒæµåŠ¨æ€§ä¸Žä¼ 输之间的支é…关系æ¯å¤©éƒ½åœ¨å˜åŒ–,以åæ˜ æ”¿ç–和行为的动æ€å½±å“。由于护ç†æ ‡å‡†å’ŒåŒ»ç–—ä¿å¥åŽ‹åŠ›ä¼šå½±å“COVID -19 ä½é™¢ä½“验,ä½é™¢æ—¶é—´ä¹Ÿå…许有所ä¸åŒã€‚
最åŽï¼Œæˆ‘们å…许幸å˜è€…ä½é™¢ï¼ŒÎ³H(t)γH(t),以åŠé‚£äº›é€åŽ»çš„人,μ ( t )μ(t), éšæ—¶é—´å˜åŒ–
æµåŠ¨æ€§è¶‹åŠ¿ã€‚
我们使用æ¥è‡ª Austin MSA 的移动趋势数æ®æ¥å‘ŠçŸ¥æˆ‘们模型ä¸çš„ä¼ è¾“é€ŸçŽ‡ã€‚å…·ä½“æ¥è¯´ï¼Œæˆ‘们对 SafeGraphæ供的八个独立移动性å˜é‡è¿›è¡Œäº†ä¸»æˆåˆ†åˆ†æž (PCA)),包括 1) 居家åœç•™æ—¶é—´å’Œå‚观 2) 大å¦ã€3) é…’å§ã€4) æ‚货店ã€5) åšç‰©é¦†å’Œå…¬å›ã€6) 医疗设施ã€7) å¦æ ¡å’Œ 8) é¤é¦†ã€‚æ‰€æœ‰æŒ‡æ ‡å‡åœ¨äººå£æ™®æŸ¥åŒºå—组 (CBG) ä¸æ供,并汇总到五个县都会区(巴斯特罗普县ã€è€ƒå¾·å¨å°”县ã€æµ·æ–¯åŽ¿ã€ç‰¹æ‹‰ç»´æ–¯åŽ¿å’Œå¨å»‰å§†æ£®åŽ¿ï¼‰ã€‚对于æ¯ä¸ª CBG,SafeGraph æä¾›æ¯æ—¥å¹³å‡å®¶åºåœç•™æ—¶é—´å’ŒæŠ¥å‘Šè®¾å¤‡æ•°é‡ã€‚我们通过对按报告设备数é‡åŠ æƒçš„ CBG 进行平å‡æ¥ä¼°è®¡ MSA ä¸çš„å¹³å‡å®¶åºåœç•™æ—¶é—´ã€‚对于所有其他访问é‡æŒ‡æ ‡ï¼Œæˆ‘们将 MSA 内所有 CBG ä¸ç‰¹å®šæŒ‡æ ‡çš„总访问é‡ç›¸åŠ 。我们通过计算 2020 å¹´ 1 月和 2 月 MSA ä¸æŒ‡æ ‡çš„å¹³å‡å€¼å¹¶å°†è¯¥æŒ‡æ ‡çš„所有åŽç»å€¼é™¤ä»¥ç–«æƒ…å‰åŸºçº¿ï¼Œæ ¹æ®ç–«æƒ…å‰çš„æµåŠ¨æ€§ç¡®å®šæ¯ä¸ªæŒ‡æ ‡çš„基线。我们使用截至预测当天的所有数æ®å¯¹å…«ä¸ªåŸºçº¿æŒ‡æ ‡è¿›è¡Œ PCA,它æ•èŽ·çš„移动性å˜åŒ–å‡ ä¹Žä¸Žæ›´ç²¾ç»†çš„æ»‘åŠ¨çª—å£ PCA ä¸€æ ·å¤šï¼ˆSI 附录,图 S7)。我们使用å‰ä¸¤ä¸ªä¸»æˆåˆ†ä½œä¸ºå›žå½’çš„åå˜é‡ï¼Œå¦‚建模方程ä¸æ‰€è¿°Î²ï¼ˆå¨ï¼‰Î²(å¨). 原始æµåŠ¨æ€§æ•°æ®çš„æ¯æ—¥ 7 天平å‡å€¼å¯ä»¥åœ¨SI 附录图 S6 ä¸çœ‹åˆ°ã€‚
模型拟åˆã€‚
我们从奥斯汀公共å«ç”Ÿéƒ¨é—¨èŽ·å¾—了奥斯汀 MSA çš„æ¯æ—¥ä½é™¢ã€å‡ºé™¢ã€äººå£æ™®æŸ¥å’Œæ»äº¡æ•°æ®ã€‚我们å‡è®¾æ‰€æœ‰æ•°æ®æºéƒ½æ˜¯è´ŸäºŒé¡¹å¼åˆ†å¸ƒåœ¨ SEIR éšæœºæ¨¡åž‹çš„预测值周围,散布å‚数为k。我们为æŸäº›å‚数选择了信æ¯ä¸°å¯Œä½†ç›¸å¯¹åˆ†æ•£çš„先验,以确ä¿å‚数估计的稳定性,并防æ¢æ¨¡åž‹é€šè¿‡å¯¹æ—¶é—´ç›¸å…³å˜é‡çš„大扰动æ¥è¿‡åº¦æ‹Ÿåˆæ•°æ®ã€‚该模型的å¯èƒ½æ€§çš„完整解释å¯ä»¥åœ¨SI 附录ä¸æ‰¾åˆ°ã€‚我们估计β(t), γH(t), μ(t)β(t), γH(t), μ(t) k, σZ, b1(t), b2(t), σb1, σb2, ψμ, σμb1(t), b2(t), σb1, σb2, ψμ, σμ, and σγσγ 和σγσγ并修å¤äº†SI 附录表 S1-S3ä¸æ述的其余å‚数。
使用è¿ä»£è¿‡æ»¤ç®—法进行拟åˆï¼Œè¯¥ç®—法å¯é€šè¿‡ Rä¸ pomp 包ä¸çš„ mif2 函数获得。该算法是一个éšæœºä¼˜åŒ–过程;它使用粒å滤波器执行最大似然估计,为给定的å‚数组åˆæ供似然的噪声估计。对于æ¯ä¸ªå‚数组åˆï¼Œæˆ‘们è¿è¡Œ 300 次è¿ä»£è¿‡æ»¤ï¼Œæ¯ 60 æ¥å†·å´åˆ†æ•°ä¸º 50%,æ¯æ¥åŒ…å« 3,500 个粒å。该è¿ä»£è¿‡æ»¤è¿è¡Œ 50 次,并在这 50 次ä¸é€‰æ‹©æœ€å¤§ä¼¼ç„¶ä¼°è®¡ (MLE)。我们计算了模型内所有状æ€éšæ—¶é—´æŽ¨ç§»çš„平滑åŽéªŒä¼°è®¡ï¼ˆåŒ…括β(å¨ï¼‰Î²(å¨)以åŠå…¶ä»–与时间相关的å‚数,这些å‚数在我们的模型公å¼ä¸æ˜¯æŠ€æœ¯ä¸Šçš„状æ€å˜é‡ï¼‰ã€‚我们估计这些平滑åŽéªŒå¦‚下:1)
我们在 MLE 上è¿è¡Œäº† 1,000 个独立的粒å过滤器,æ¯ä¸ªè¿‡æ»¤å™¨åŒ…å« 2,500 个粒å。对于粒å滤波的æ¯æ¬¡è¿è¡Œl,我们跟踪æ¯ä¸ªç²’å的完整轨迹,以åŠè¿‡æ»¤åŽçš„似然估计值L l。
2)
对于 1,000 次粒å过滤è¿è¡Œä¸çš„æ¯ä¸€æ¬¡ï¼Œæˆ‘们éšæœºé‡‡æ ·ä¸€ä¸ªå®Œæ•´çš„ç²’å轨迹,为所有状æ€å˜é‡æä¾› 1,000 æ¡å•ç‹¬çš„轨迹。
3)
我们从这 1,000 æ¡è½¨è¿¹ä¸é‡æ–°é‡‡æ ·äº† 1,000 æ¡è½¨è¿¹ï¼Œæ¦‚率与L læˆæ¯”例,以给出状æ€è½¨è¿¹çš„分布。
结果å¯ä»¥è¢«è®¤ä¸ºæ˜¯ç»éªŒè´å¶æ–¯åŽéªŒåˆ†å¸ƒï¼›ä¹Ÿå°±æ˜¯è¯´ï¼Œä»Žæ‰€æœ‰çŠ¶æ€å˜é‡ä¸æŠ½å–一组 1,000 个平滑åŽéªŒï¼Œä»¥æ¨¡åž‹è‡ªç”±å‚æ•°çš„ MLE 为æ¡ä»¶ã€‚è¿™ç§å¹³æ»‘çš„åŽéªŒåˆ†å¸ƒæ˜¯æˆ‘们计算时å˜çŠ¶æ€å˜é‡çš„汇总统计数æ®çš„æ–¹å¼ã€‚我们的估计β(å¨ï¼‰Î²(å¨)转æ¢ä¸ºR ( t ) 估计值,如下所述,以åŠç”¨äºŽç”Ÿå˜çš„瞬时放电率的模型估计值 γH(å¨ï¼‰Î³H(å¨)) 和垂æ»çš„ (μ ( t )μ(å¨)) 患者å¯åœ¨SI 附录图 S13 ä¸æ‰¾åˆ°ã€‚
制作投影。
我们的模型拟åˆç¨‹åºä¸ºæ¨¡åž‹ä¸çš„所有关键å‚æ•°ï¼ˆä¾‹å¦‚ï¼ŒæŽ§åˆ¶ä¼ è¾“é€ŸçŽ‡çš„éšæœºæ¸¸èµ°çš„ SD)以åŠçŠ¶æ€å˜é‡ï¼ˆä¾‹å¦‚,模型的æ¯ä¸ªéš”é—´ä¸çš„个体数é‡æˆ–æ—¥ä¼ è¾“çŽ‡ï¼‰ã€‚æˆ‘ä»¬ä»Žå¹³æ»‘çš„åŽéªŒåˆ†å¸ƒä¸é‡‡æ ·ï¼Œä»¥èŽ·å¾—投影的åˆå§‹çŠ¶æ€æ¡ä»¶åˆ†å¸ƒã€‚我们使用这些åˆå§‹çŠ¶æ€æ¡ä»¶åˆå§‹åŒ– 1,000 ä¸ªæŠ•å½±ï¼Œå¹¶æ ¹æ®å›ºå®šå‚æ•°çš„ MLE å‘å‰è¿è¡Œéšæœºæ¨¡åž‹ã€‚通过这ç§æ–¹å¼ï¼Œæˆ‘们在å‚数估计ä¸æ•èŽ·äº†ä¸¤ä¸ªä¸ç¡®å®šæ€§æ¥æºï¼š
投影模型比较。
我们将 SEIR æµè¡Œç—…å¦æ¨¡åž‹çš„预测与 R ä¸çš„预测包æ供的统计零模型的预测进行比较。对于éšæœºæ¸¸èµ°æ¨¡åž‹ï¼Œæˆ‘们使用 ARIMA 模型( p = 0 , d= 1 , q= 0 )(p=0,d=1,q=0),我们使用 Hyndman-Khandakar 算法自动确定自动 ARIMA 模型的 ARIMA 模型的阶数。我们将模型拟åˆåˆ°æˆªè‡³é¢„测日期的所有å¯ç”¨æ•°æ®ï¼Œå¹¶ä½¿ç”¨æ‹Ÿåˆæ¨¡åž‹è¿›è¡Œé¢„测。
解释模型输出。时å˜å†ç”Ÿæ•° ( R t )。
为了估计éšæ—¶é—´å˜åŒ–çš„å†çŽ°æ•° ( Rt ),我们将下一代方法应用于我们æ¯æ—¥ä¼°è®¡çš„平滑åŽéªŒåˆ†å¸ƒÎ²ï¼ˆå¨ï¼‰Î²(å¨)估计å‚æ•°çš„ MLE 值和SI 附录表 S1-S3ä¸åˆ—出的固定å‚数。
报告率。
我们通过将我们对æ¯æ—¥å‘病率的估计与《纽约时报》æ供的奥斯汀 MSA(巴斯特罗普ã€è€ƒå¾·å¨å°”ã€æµ·æ–¯ã€ç‰¹æ‹‰ç»´æ–¯å’Œå¨å»‰å§†æ£®åŽ¿ï¼‰çš„æ¯æ—¥æŠ¥å‘Šç—…例数进行比较æ¥ä¼°è®¡æŠ¥å‘ŠçŽ‡ã€‚为了粗略估计ä¸æ–å˜åŒ–的报告率,我们将病例数æ®æ»žåŽ 11 天,以说明感染和病例报告之间的滞åŽã€‚在估计最高和最低报告率时,我们排除了 2021 å¹´ 2 月的病例数æ®ï¼Œå› 为报告å—到了长达一周的严é‡å†¬å£å†»ç»“和大é‡ç§¯åŽ‹ç—…例的报告的影å“。
估计奥斯汀 COVID-19 血清阳性率。
奥斯汀大都市区没有 COVID-19 血清阳性率估计值,但 CDC 自 2020 å¹´å¤å£ä»¥æ¥æ¯ä¸¤å‘¨è¿›è¡Œä¸€æ¬¡å¾·å…‹è¨æ–¯è¡€æ¸…阳性率估计值 (48)。我们调整了得克è¨æ–¯å·žçš„血清阳性率估计值,以考虑全州大æµè¡Œçš„异质性负担。具体æ¥è¯´ï¼Œæˆ‘们å‡è®¾å¥¥æ–¯æ±€è¡€æ¸…阳性率å¯ä»¥ä¼°è®¡ä¸º
在哪里一世德克è¨æ–¯å·žä¸€ä¸–å¾·å…‹è¨æ–¯å·žæ˜¯ CDC 为得克è¨æ–¯å·žæ供的血清阳性率估计值,D表示纽约时报æ供的奥斯汀或得克è¨æ–¯å·žçš„人å‡æ»äº¡çŽ‡ã€‚如å‚考文献ä¸æ‰€è¿°ã€‚æˆ‘ä»¬å°†æ‰€æœ‰ä¸Žæ—¶é—´ç›¸å…³çš„ä¼°è®¡å€¼ç§»è‡³å…¶ç›¸åº”çš„æ„ŸæŸ“æ—¥æœŸï¼Œå› æ¤è¡€æ¸…é˜³æ€§çŽ‡ä¼°è®¡å€¼ç§»è‡³ç¬¬ä¸€ä¸ªé‡‡æ ·æ—¥å‰ 7 天,以考虑感染åŽå˜ä¸ºè¡€æ¸…阳性所需的时间,而æ»äº¡æ—¥æœŸç§»è‡³ 20 天至考虑到感染和æ»äº¡ä¹‹é—´çš„延迟。然åŽæˆ‘们比较修æ£åŽçš„估计一世奥斯汀(å¨ï¼‰ä¸€ä¸–奥斯汀(å¨)与æ¥è‡ªæ¨¡åž‹çš„æ¯æ—¥ç´¯ç§¯ä¼°è®¡æ„ŸæŸ“。
ä¼°è®¡ç§»åŠ¨æ€§å’Œä¼ è¾“ä¹‹é—´çš„æ—¶å˜å…³ç³»ã€‚
β' ( t )β'(å¨)如果æµåŠ¨æ€§å’Œä¼ æ’之间的åˆå§‹å…³ç³»åœ¨å¤§æµè¡Œè¿‡ç¨‹ä¸ä¿æŒä¸å˜ï¼Œåˆ™å¯ä»¥å°†å…¶è§†ä¸ºåäº‹å®žä¼ æ’çŽ‡ã€‚æˆ‘ä»¬ä¼°è®¡ç§»åŠ¨æ€§æ°´å¹³æ— æ³•è§£é‡Šçš„ç§»åŠ¨æ€§é©±åŠ¨ä¼ è¾“çš„å‡å°‘为
我们æ供了相对于大æµè¡ŒåˆæœŸï¼Œ2021 å¹´ 2 月 14 æ—¥ç§»åŠ¨ä¼ æ’风险总体é™ä½Žçš„点估计,并æ供了关于基线期开始和æŒç»æ—¶é—´çš„æ•æ„Ÿæ€§åˆ†æžï¼ˆSI 附录,图 S8) .
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本帖åä¸åŒ…å«æ›´å¤šèµ„æº
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