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抽象的背景
儿童癌症幸å˜è€… (CCS) 表现出显ç€å¢žåŠ 的慢性疾病和过早æ»äº¡ã€‚DNA甲基化异常与慢性疾病的å‘展和预期寿命缩çŸæœ‰å…³ã€‚æˆ‘ä»¬ç ”ç©¶äº†æŠ—ç™Œæ²»ç–—ä¸Žé•¿æœŸ DNA 甲基化å˜åŒ–相关的å‡è®¾ï¼Œè¿™å¯èƒ½æ˜¯æ™šæœŸå¥åº·ä¸è‰¯å½±å“çš„å…³é”®é©±åŠ¨å› ç´ ã€‚
方法
使用 MethylationEPIC 阵列在æ¥è‡ª 32 å儿童癌症患者的é…å¯¹æ ·æœ¬ï¼ˆæ²»ç–—å‰/治疗åŽï¼‰ä¸è¯„ä¼°å…¨åŸºå› ç»„ DNA 甲基化。å¦å¤–,在æ¥è‡ªä¸åŒæˆäºº CCS(平å‡è¯Šæ–åŽ 22 年)的 32 ä¸ªæ ·æœ¬ä¸æµ‹å®šäº†ç”²åŸºåŒ–ï¼Œå¹¶ä¸Žæ— ç™Œç—‡å¯¹ç…§ï¼ˆn  = 284)进行了比较。
结果
在儿童癌症患者的治疗åŽå‘现了广泛的 DNA 甲基化å˜åŒ–,包括 146 个差异甲基化区域 (DMR),这些区域在 32 个治疗åŽæ ·æœ¬ä¸æŒç»æ”¹å˜ã€‚对æˆäºº CCS 的分æžåœ¨ DMR çš„ 107/146 处确定了匹é…的甲基化å˜åŒ–,表明治疗åŽå˜åŒ–å¯èƒ½é•¿æœŸä¿ç•™ã€‚æˆå¹´å¹¸å˜è€…还表现出表观é—ä¼ å¹´é¾„åŠ é€Ÿï¼Œä¸Ž DMR ç”²åŸºåŒ–æ— å…³ã€‚æ¤å¤–,DUSP6 DMR 的甲基化改å˜ä¸Žæ—©æœŸæ»äº¡çŽ‡æ˜¾ç€ç›¸å…³ï¼Œè¿™è¡¨æ˜Žç”²åŸºåŒ–改å˜å¯èƒ½é¢„ç¤ºç€ CCS ä¸æŸäº›æ™šæœŸä¸è‰¯å¥åº·å½±å“。
结论
这些新的甲基化å˜åŒ–å¯ä»¥ä½œä¸ºç”Ÿç‰©æ ‡å¿—物,用于评估æ£åœ¨è¿›è¡Œçš„治疗ä¸çš„æ£å¸¸ç»†èƒžæ¯’性和预测 CCS 的长期å¥åº·ç»“果。
背景
è¿‘å¹´æ¥ï¼Œå„¿ç«¥ç™Œç—‡çš„治疗有了显ç€æ”¹å–„,在高收入国家,儿童癌症的总生å˜çŽ‡è¶…过 80%ã€‚å› æ¤ï¼Œæˆå¹´å„¿ç«¥ç™Œç—‡å¹¸å˜è€… (CCS) 的人å£ç»§ç»å¢žåŠ ,在英国大约 750 å年轻人ä¸å°±æœ‰ 1 å 。然而,儿童癌症患者通常会接å—积æžçš„多è¯æ²»ç–—,并且对 CCS 的广泛éšè®¿è¡¨æ˜Žï¼Œä»–们长期ä¸è‰¯å¥åº·ç»“æžœçš„é£Žé™©å¢žåŠ ã€‚CCS 的许多慢性疾病å‘病率较高,包括 3.6 至 6.4 å€çš„äºŒæ¬¡ç™Œç—‡é£Žé™©å¢žåŠ ï¼Œä»¥åŠ 3-4 å€çš„心è„æ»äº¡é£Žé™©å¢žåŠ 。å过æ¥ï¼Œè¿™äº›ä¸Žå‘病率和æ»äº¡çŽ‡çš„高度å‡é«˜ä»¥åŠ CCS 的预期寿命显ç€é™ä½Žæœ‰å…³ã€‚用于预测迟å‘效应的分åæ ‡è®°ç‰©å°†å…·æœ‰é‡è¦çš„临床效用,既å¯ä»¥ä¸ºé‚£äº›æœ€æœ‰å¯èƒ½å‡ºçŽ°ä¸¥é‡è¿Ÿå‘效应的人æ供更有针对性的医疗ä¿å¥éšè®¿ï¼Œä¹Ÿå¯ä»¥ç›‘测新疗法或治疗方案的长期å¥åº·å½±å“。
一ç§å¯èƒ½å¯¹ç™Œç—‡å¹¸å˜è€…产生长期å¥åº·å½±å“的潜在机制是癌症治疗引起的表观é—ä¼ å˜åŒ–。DNA甲基化是一ç§å…³é”®çš„表观é—ä¼ ä¿®é¥°ï¼Œåœ¨æŽ§åˆ¶åŸºå› è¡¨è¾¾å’ŒæŠ‘åˆ¶é‡å¤å…ƒä»¶æ–¹é¢å…·æœ‰é‡è¦ä½œç”¨ã€‚æ¤å¤–,DNA 甲基化的å˜åŒ–对癌症的å‘展至关é‡è¦ã€‚æ¤å¤–,DNA 甲基化改å˜çš„特定模å¼ä¸Žæ‰€æœ‰å¸¸è§çš„人类慢性疾病有关,并且已显示与年龄相关的 DNA 甲基化å˜åŒ–å¯é¢„测多ç§æ…¢æ€§ç–¾ç—…çš„å‘展和预期寿命缩çŸã€‚åŸå¾·å°”éšæœºåŒ–ç ”ç©¶å‘现è¯æ®è¡¨æ˜Žï¼Œå…¶ä¸ä¸€äº› DNA 甲基化å˜åŒ–是慢性疾病å‘å±•çš„åŽŸå› ã€‚äº‹å®žä¸Šï¼Œå¤šé¡¹äººç±»å’ŒåŠ¨ç‰©æ¨¡åž‹ç ”ç©¶è¡¨æ˜Žï¼Œç”Ÿå‘½æ—©æœŸçš„æš´éœ²ï¼ˆä¾‹å¦‚ï¼Œé¦™çƒŸçƒŸé›¾ã€é¥¥é¥¿çŠ¶å†µå’Œæ€§/身体è™å¾…)å¯å¯¼è‡´ DNA 甲基化的改å˜ï¼Œç»´æŒåˆ°æˆå¹´æœŸå¹¶é¢„æµ‹æ…¢æ€§ç—…é£Žé™©å¢žåŠ ã€‚ä½¿ç”¨å€™é€‰åŸºå› æ–¹æ³•ï¼Œæˆ‘ä»¬å…ˆå‰ç¡®å®šæš´éœ²äºŽåŒ–å¦ç–—法å¯å¯¼è‡´HOXA4åŸºå› åº§çš„ä½ç‚¹ç‰¹å¼‚性 DNA ç”²åŸºåŒ–æ°´å¹³å¢žåŠ ã€‚æˆ‘ä»¬å‡è®¾å„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…接触癌症治疗å¯èƒ½ä¼šå¯¼è‡´æ£å¸¸ç»†èƒžä¸çš„异常 DNA 甲基化,这ç§ç”²åŸºåŒ–å¯ä»¥ç»ˆç”Ÿç»´æŒï¼Œä»Žè€Œå¯¼è‡´æ…¢æ€§ç—…æ°´å¹³å¢žåŠ å’Œ CCS 预期寿命缩çŸã€‚
为了检验这一å‡è®¾ï¼Œæˆ‘们首先确定了抗癌治疗åŽå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€… DNA ç”²åŸºåŒ–çš„å…¨åŸºå› ç»„å˜åŒ–ï¼ˆç ”ç©¶ 1)。éšåŽï¼Œæˆ‘们检查了ä¸åŒç»„儿童癌症æˆå¹´å¹¸å˜è€…在治疗多年åŽæ˜¯å¦å˜åœ¨ç›¸åŒçš„ DNA 甲基化å˜åŒ–,以åŠå®ƒä»¬é¢„测 CCS 生å˜çš„èƒ½åŠ›ï¼ˆç ”ç©¶ 2ï¼‰ã€‚å› æ¤ï¼Œè¿™äº›å‘现有å¯èƒ½ä¿ƒè¿›å¯¹ CCS è¿Ÿå‘效应潜在机制的ç†è§£ï¼Œå¹¶ä¸ºé¢„防或å‡å°‘å±åŠç”Ÿå‘½æˆ–改å˜ç”Ÿå‘½çš„è¿Ÿå‘效应æ供信æ¯ã€‚
æ–¹æ³•ç ”ç©¶ 1
ä¸ºäº†ç¡®å®šæŠ—ç™Œæ²»ç–—åŽ DNA ç”²åŸºåŒ–çš„å…¨åŸºå› ç»„å˜åŒ–,我们检查了治疗å‰åŽå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…é…å¯¹æ ·æœ¬ä¸æ£å¸¸éžç™Œç»†èƒžçš„ DNA 甲基化。最åˆæ”¶é›†æ ·æœ¬æ˜¯ä¸ºäº†è¯„估暴露于拓扑异构酶 II 抑制剂的影å“,作为多è¯æ–¹æ¡ˆçš„一部分,该方案在特定è¯ç‰©ã€å‰‚é‡å’Œæ²»ç–—方案方é¢æœ‰æ‰€ä¸åŒã€‚患者在 1998-2000 年间被招募。这些患者的治疗细节先å‰å·²æ述并在补充表 1ä¸è¿›è¡Œäº†æ€»ç»“。患者包括 32 å患有血液系统癌症的儿童(1 至 15 å²ï¼‰ï¼ˆn  = 25;急性淋巴细胞白血病(ALL,n = 22)ã€æ€¥æ€§é«“性白血病 (AML, n  = 2)ã€æ·‹å·´ç˜¤n  = 1) 或实体瘤 ( n  = 7: 5 个神ç»æ¯ç»†èƒžç˜¤ã€1 个骨肉瘤ã€1 个肾æ¯ç»†èƒžç˜¤) (表 1 )。在称为“治疗å‰â€å’Œâ€œæ²»ç–—åŽâ€çš„两个时间点采集æˆå¯¹æ ·æœ¬ï¼ˆè¡€æ¶²æˆ–骨髓)组(表 1)。为了确ä¿ç”²åŸºåŒ–模å¼æ¥è‡ªéžç™Œç»†èƒžï¼Œå¯¹äºŽè¡€æ¶²ç³»ç»Ÿæ¶æ€§è‚¿ç˜¤æ‚£è€…,必须在达到缓解åŽï¼ˆè¯Šæ–åŽ 5-20 周)采集“治疗å‰â€æ ·æœ¬ã€‚然而,这些æ¶æ€§è‚¿ç˜¤çš„治疗期为 6 个月至 2-3 年,缓解åŽä¸ä¼šåœæ¢æ²»ç–—。对于实体瘤,“之å‰â€æ ·æœ¬æ¥è‡ªè¯Šæ–æ—¶/é™„è¿‘ï¼Œå› ä¸ºè¿™äº›æ‚£è€…çš„è¡€æ¶²/éª¨é«“æ ·æœ¬å«æœ‰å¯å¿½ç•¥ä¸è®¡çš„肿瘤物质。所有 CCS 的“之åŽâ€æ²»ç–—æ ·æœ¬å‡åœ¨â€œä¹‹å‰â€æ ·æœ¬åŽ 9-95 å‘¨é‡‡é›†ï¼ˆæ ·æœ¬å¯¹ä¹‹é—´å¹³å‡ 43.4 周)(æ¯ç»„é…å¯¹æ ·æœ¬çš„å…·ä½“ç»†èŠ‚è§è¡¨ 1ï¼‰ã€‚ä½¿ç”¨æ ‡å‡†ç¨‹åºæå– DNA。
表 1 å„¿ç«¥æ‚£è€…æ ·æœ¬æ‘˜è¦ï¼ˆç ”究 1,在 1998 年至 2000 年间招募)
ç ”ç©¶ 2
ä¸ºäº†ç ”ç©¶è¿™äº› DNA 甲基化å˜åŒ–是暂时的还是æŒç»åˆ°æˆå¹´æœŸï¼Œæˆ‘们检查了æ¥è‡ªä¸åŒå„¿ç«¥/é’年癌症幸å˜è€…çš„è¡€æ¶²æ ·æœ¬ä¸ DNA 的甲基化模å¼ï¼Œå¹¶ä¸Žå¹´é¾„/性别匹é…的对照人群进行了比较。æˆäººå„¿ç«¥ç™Œç—‡å¹¸å˜è€… (CCS) ( n  = 32) 选自欧洲癌症与è¥å…»å‰çž»æ€§è°ƒæŸ¥ (EPIC) 队列,这是一项æ£åœ¨è¿›è¡Œçš„多ä¸å¿ƒå‰çž»æ€§é˜Ÿåˆ—ç ”ç©¶ï¼Œå‚与ä¸å¿ƒä½äºŽæ¬§æ´² 10 个国家(有关队列的更多详细信æ¯å¯åœ¨åˆ«å¤„å¯ä»¥æ‰¾åˆ°ï¼‰ã€‚选择被诊æ–为 25 å²ä»¥ä¸‹ä¸”在 EPIC 招募å‰è‡³å°‘ 10 年(平å‡è¯Šæ–åŽ 22 年)被诊æ–出的癌症幸å˜è€…ã€‚è®¡ç®—è¯¥æ ·æœ¬é‡ä»¥å…è®¸è¯„ä¼°ç ”ç©¶ 1 ä¸ç¡®å®šçš„甲基化å˜åŒ–çš„ä¿ç•™ï¼ˆ> 99% 的能力æ¥ç¡®å®šç ”究 1 ä¸ç¡®å®šçš„治疗åŽç‰¹å¾çš„ä¿ç•™å’Œ> 80% 的能力æ¥ç¡®å®šå¤§å¤šæ•°ä¸ªä½“ DMR çš„å˜åŒ–(105/146; 72%) 并且没有设计æˆå…许在æˆäºº CCS ä¸è¿›è¡Œå…¨åŸºå› 组分æžã€‚
没有具体的治疗信æ¯ï¼Œå› æ¤åˆ†æžä»…é™äºŽæ‰€æœ‰å¹¸å˜è€…都接å—过化疗和/æˆ–æ”¾ç–—çš„è‚¿ç˜¤ç±»åž‹ã€‚ç”±äºŽæ ·æœ¬çš„å¯ç”¨æ€§ï¼Œæˆ‘们专注于æ¶æ€§æ·‹å·´ç˜¤å’Œç¾ä¸¸ç™Œå¹¸å˜è€…(表 2)。虽然幸å˜è€…接å—的具体治疗尚ä¸æ¸…楚,但在化疗被普é接å—治疗该疾病之å‰ï¼Œä¸€éƒ¨åˆ†æ·‹å·´ç˜¤å¹¸å˜è€… ( n  = 8) 接å—äº†æ²»ç–—ï¼ˆå³ 1970 å¹´å‰è¯Šæ–出的那些)。32 例å¯ç”¨ç—…例包括:1958 年至 1986 年间诊æ–çš„éœå¥‡é‡‘淋巴瘤 ( n  = 23)ã€éžéœå¥‡é‡‘淋巴瘤 ( n  = 6) å’Œç¾ä¸¸ç™Œ ( n  = 3)(表 2ï¼‰ã€‚è¡€æ¶²æ ·æœ¬æ˜¯åœ¨ EPIC ç ”ç©¶å¼€å§‹æ—¶ï¼ˆ1992-1999)收集的,æ¥è‡ªè‹±å›½ï¼ˆn  = 13)ã€å¾·å›½ï¼ˆn  = 12)ã€æ„大利(n  = 2)ã€æŒªå¨ï¼ˆn  = 2)和西ç牙(n  = 3)ã€‚ç ”ç©¶å‚与者æ供了知情åŒæ„,EPIC ç ”ç©¶å¾—åˆ°äº†æ¯ä¸ªä¸å¿ƒçš„相关伦ç†å®¡æŸ¥å§”å‘˜ä¼šå’Œå›½é™…ç™Œç—‡ç ”ç©¶æœºæž„çš„æ‰¹å‡†ã€‚
表 2 æˆäºº CCS 特å¾æ€»ç»“ï¼ˆç ”ç©¶ 2)
å¯¹äºŽç ”ç©¶ 2,从 GEO æ•°æ®åº“ä¸ç¡®å®šäº†å…·æœ‰å…¬å¼€å¯ç”¨çš„ Illumina MethylationEPIC 阵列数æ®çš„一般人群æˆäººå¯¹ç…§æ•°æ®é›†ã€‚对照人群æ¥è‡ªå¯†æ‡æ ¹å¤šæº´è”苯 (PBB) ç ”ç©¶ç™»è®°å¤„ ï¼ŒåŒ…æ‹¬å…·æœ‰ç”²åŸºåŒ–æ•°æ® ( n  = 658) 且血清 PBB <1 ppbçš„äººç¾¤ï¼Œè¿™æ˜¯å‡ é¡¹ç ”ç©¶ä¸ç”¨äºŽå¯¹â€œæ— 暴露â€æˆ–“低于检测水平â€è¿›è¡Œåˆ†ç±»çš„阈值 。对照与æˆäºº CCS 病例(æ¥è‡ª EPIC)使用最近邻算法和“MatchITâ€R 包按年龄(±2 å²ï¼‰å’Œæ€§åˆ«ï¼ˆå¯¹ç…§ï¼Œn = 288; æˆäºº CCS,n  = 32)(表 3)。
表 3 æˆäºº CCS 和对照的æ述性特å¾ï¼ˆç ”究 2)
å…¨åŸºå› ç»„ DNA 甲基化芯片
使用 Zymo EZ-96 DNA 甲基化试剂盒 (Zymo Research) 进行亚硫酸氢ç›è½¬åŒ–。使用 Infinium MethylationEPIC BeadChip å¾®é˜µåˆ—å¯¹æ‰€æœ‰æ ·æœ¬ä¸çš„å…¨åŸºå› ç»„ DNA 甲基化进行é‡åŒ–,该微阵列评估超过 850,000 个ä½ç‚¹çš„å…¨åŸºå› ç»„ CpG 甲基化,并在爱ä¸å ¡å¤§å¦ï¼ˆè‹±å›½çˆ±ä¸å ¡ï¼‰çš„ Wellcome Trust ä¸´åºŠç ”ç©¶æœºæž„è¿›è¡Œã€‚ä½¿ç”¨ R studio 3.5.3 版ä¸çš„ minfi Bioconductor 包 1.28.4 版处ç†æ¥è‡ªæ‰€æœ‰æµ‹è¯•å’Œå¯¹ç…§æ ·å“çš„ MethylationEPIC 阵列的原始甲基化数æ®ã€‚ç¡®è®¤æ‰€æœ‰æ ·å“çš„æ ·å“è´¨é‡ï¼ˆæ£€æŸ¥é˜µåˆ—对照探针和性别ä¸ä¸€è‡´ï¼‰ã€‚è´¨é‡æŽ§åˆ¶å¤±è´¥çš„æ ·å“被排除在外(n  = 4 个æˆäººå¯¹ç…§æ ·å“)。å•æ ·æœ¬ (ssNoob) 方法用于归一化。使用 Houseman 方法 估计细胞组æˆã€‚检测p值 >0.01 的探针和交å‰å应探针(å³ï¼Œå¸¸æŸ“色体和性染色体之间交å‰æ‚交的探针) 被移除。处ç†åŽï¼Œå„¿ç«¥é…å¯¹æ ·æœ¬ä¿ç•™äº† 820,139 ä¸ªæŽ¢é’ˆï¼ˆå…¶ä¸ n  = 820,134 个通过了æˆäººæ ·æœ¬çš„è´¨é‡æŽ§åˆ¶ï¼‰ã€‚甲基化值转化为β值,范围从 0(0% 甲基化)到 1(100% 甲基化),代表甲基化强度。
CCSä¸å·®å¼‚甲基化的鉴定
å¯¹äºŽç ”ç©¶ 1,差异甲基化区域 (DMR) 使用默认设置的 DMRcate R 包进行识别。使用 Limma R 包(lmFit 函数)在晚期和早期缓解ä¸é‰´å®šäº†å·®å¼‚甲基化ä½ç½® (DMP)ã€‚æ ¹æ®å˜åŒ–æ–¹å‘(从早期缓解到晚期缓解)总结了差异 DNA 甲基化,并且使用错误å‘çŽ°çŽ‡æ ¡æ£ (FDR) å¯¹å·®å¼‚ç”²åŸºåŒ–åŸºå› åº§çš„æ‰€æœ‰åˆ†æžè¿›è¡Œäº†å¤šæ¬¡æµ‹è¯•æ ¡æ£ã€‚DMR 之间的相关值是使用 Pearson 对æ¯ç§ç™Œç—‡ç±»åž‹çš„相关性计算的,并比较平å‡å€¼ã€‚
CpG ä½ç‚¹å’Œ DMR ç”¨å®ƒä»¬çš„åŸºå› ç»„ä½ç½®ã€æœ€è¿‘çš„åŸºå› ä»¥åŠä¸ŽåŸºå› /CpG 岛的关系进行注释。使用 HumanMethylationEPIC 阵列和 UCSC å¯¹åŸºå› ã€åŸºå› 组区域(å³åŸºå› 体ã€éžç¿»è¯‘区域ã€è½¬å½•èµ·å§‹ä½ç‚¹ (TSS)ã€å¤–显å)和岛ä½ç½®ï¼ˆå²›ã€æµ·å²¸ã€å…¬æµ·ï¼‰çš„注释对差异甲基化 CpG åŸºå› åº§è¿›è¡Œæ³¨é‡Šã€‚ä¸Ž EPIC é˜µåˆ—ä¸Šçš„æ•´ä½“åˆ†å¸ƒç›¸æ¯”ï¼Œå·²è¯†åˆ«åŸºå› åº§çš„åŒºåŸŸå¯Œé›†åº¦ä½¿ç”¨å¡æ–¹ ( χ² ) 检验进行评估。
å¯¹äºŽç ”ç©¶ 2,我们检查了æˆäºº CCS å’Œå¯¹ç…§æ ·æœ¬ä¹‹é—´çš„ç”²åŸºåŒ–å·®å¼‚ï¼Œä»…å…³æ³¨ç ”ç©¶ 1 ä¸ç¡®å®šçš„ DMR å’Œ DMP(甲基化ç»å¯¹å˜åŒ– > 5%)。æˆäºº CCS 病例和对照个体之间 DNA 甲基化的差异测定 CpG ä½ç‚¹å’Œ DMR。使用t检查统计差异-测试。通过平å‡æ‰€æœ‰ä¿ç•™çš„ DMR çš„å˜åŒ–,计算æ¯ä¸ªå¹¸å˜è€…çš„å•ä¸ªå·®å¼‚甲基化评分。DMR 被定义为在æˆå¹´å¹¸å˜è€…ä¸å¤åˆ¶ï¼Œå¦‚果它们与对照人群在统计å¦ä¸Šæ˜¾ç€ä¸åŒï¼Œè¡¨çŽ°å‡ºä¸ŽæŽ¥å—治疗åŽç›¸åŒçš„å˜åŒ–æ–¹å‘,并且甲基化的ç»å¯¹å·®å¼‚至少为 50% çš„å˜åŒ–ã€‚ç ”ç©¶ 1 ä¸çš„åŽå¤„ç†æ ·æœ¬ã€‚ CpG ä½ç‚¹çš„æ³¨é‡Šå’ŒåŸºå› ç»„ä½ç½®ï¼ˆç›¸å¯¹äºŽåŸºå› 和岛)的分æžå¦‚上所述,原始 DMR å’Œä¿ç•™ DMR 的分布使用å¡æ–¹ ( χ ²)测试。
线性回归用于确定在针对年龄ã€æ€§åˆ«å’Œç™½ç»†èƒžæ¯”例调整åŽçš„病例和对照(自å˜é‡ï¼‰ä¹‹é—´çš„个体 DMRï¼ˆå› å˜é‡ï¼‰ç”²åŸºåŒ–是å¦å˜åœ¨å·®å¼‚。使用 FDR æ ¡æ£è°ƒæ•´p值以进行多次测试。在淋巴瘤病例ä¸è¿›è¡Œäº†ç±»ä¼¼çš„分层线性回归分æžï¼Œä»¥åŒºåˆ†åœ¨å¼•å…¥åŒ–ç–—ä½œä¸ºæ·‹å·´ç˜¤æ ‡å‡†æ²»ç–—ä¹‹å‰æˆ–之åŽè¯Šæ–的病例之间 DMR 甲基化的任何显ç€å·®å¼‚(å³ï¼Œåœ¨ 1970 年之å‰æˆ–之åŽè¯Šæ–的患者)。
表观é—ä¼ æ—¶é’Ÿåˆ†æž
使用皮肤血钟估计表观é—ä¼ å¹´é¾„ï¼ˆä»¥ä¸‹ç®€ç§°è¡¨è§‚é—ä¼ å¹´é¾„ï¼‰ï¼Œå¹¶ä½¿ç”¨ Horvath 的在线估计器替代 DNA ç”²åŸºåŒ–ç”Ÿç‰©æ ‡å¿—ç‰©ï¼ˆç ”ç©¶ 2 )。_ 尽管时钟是使用 450 K 阵列数æ®å¼€å‘的,但 EPIC 阵列数æ®å·²è¢«è¯æ˜Žå¯ä»¥å‡†ç¡®ä¼°è®¡ DNA 甲基化年龄,而与缺失的 CpG ä½ç‚¹æ— å…³ ( n  = 19)。使用é…对t检验比较治疗å‰åŽçš„表观é—ä¼ å¹´é¾„ï¼ˆç ”ç©¶ 1ï¼‰ï¼Œå¹¶ä½¿ç”¨ä¸¤ä¸ªæ ·æœ¬tæ£€éªŒï¼ˆç ”ç©¶ 1)或 ANOVAï¼ˆç ”ç©¶ 2)按癌症部ä½æ¯”较。
åœ¨ç ”ç©¶ 2 ä¸ï¼Œä¸ºäº†è¿›ä¸€æ¥äº†è§£ CCS ä¸æ™šæœŸæ•ˆåº”çš„æ ‡å¿—ç‰©ï¼Œæˆ‘ä»¬æ£€æŸ¥äº†å·²çŸ¥ä¸Žæ…¢æ€§ç–¾ç—…ç›¸å…³çš„æ›¿ä»£ DNA ç”²åŸºåŒ–ç”Ÿç‰©æ ‡å¿—ç‰©ï¼Œä¾‹å¦‚ä¸Žå¥åº·è·¨åº¦ç›¸å…³çš„ PhenoAge或与æ»äº¡çŽ‡ç›¸å…³çš„ GrimAge 。使用 Pearson 相关性检查 DMR 和表观é—ä¼ å¹´é¾„æµ‹é‡å€¼ä¹‹é—´çš„相关性,并 使用针对年龄和性别进行调整的线性回归检查æˆäºº CCS 和对照(自å˜é‡ï¼‰ä¹‹é—´çš„表观é—ä¼ å¹´é¾„åŠ é€Ÿæ ‡è®°ï¼ˆå› å˜é‡ï¼Œåœ¨è¡¥å……表10ä¸åˆ—出)的差异。
æˆäºº CCS 的长期å¥åº·ç»“æžœ
作为 EPIC ç ”ç©¶çš„ä¸€éƒ¨åˆ†ï¼Œæ”¶é›†äº†æˆäºº CCS 的长期éšè®¿æ•°æ®ï¼ŒåŒ…括第二原å‘性癌症的生å˜å’Œå‘展(平å‡éšè®¿ 16.8 年)。使用分类å˜é‡çš„χ ² 检验和连ç»å˜é‡çš„åŒæ ·æœ¬t检验比较了活ç€ä¸Žå·²æ•…的人以åŠæ‚£æœ‰ç¬¬äºŒæ¬¡ç™Œç—‡çš„人与未患癌症的人之间的基线特å¾å’Œ DNA æ›¿ä»£æ ‡å¿—ç‰©ã€‚ä½¿ç”¨é’ˆå¯¹å¹´é¾„å’Œæ€§åˆ«è°ƒæ•´çš„çº¿æ€§å›žå½’æ£€æŸ¥ DMR 甲基化或替代 DNA ç”²åŸºåŒ–ç”Ÿç‰©æ ‡å¿—ç‰©ä¸Žç”Ÿå‘½çŠ¶æ€/第二癌症之间的关è”。
结果接触癌症治疗会导致æ£å¸¸ç»†èƒžä¸å‡ºçŽ°å¼‚å¸¸çš„å…¨åŸºå› ç»„ DNA 甲基化模å¼
ä¸ºäº†ç ”ç©¶æŠ—ç™Œæ²»ç–—ä¸Žæ£å¸¸ç»„ç»‡ä¸ DNA 甲基化改å˜ç›¸å…³çš„å¯èƒ½æ€§ï¼Œæˆ‘们在一组接å—多è¯åŒ–ç–—çš„ 32 å儿童癌症患者ä¸è¯„估了é…对血液/éª¨é«“æ ·æœ¬ä¸çš„å…¨åŸºå› ç»„ç”²åŸºåŒ–æ¨¡å¼ã€‚é…å¯¹æ ·æœ¬ä¹‹é—´çš„å¹³å‡æ—¶é—´ä¸º 43.5 周(表 1)。接å—癌症治疗å‰åŽçš„细胞类型分布相似,尽管在血液肿瘤患者和实体肿瘤患者ä¸è§‚察到 B 淋巴细胞显ç€ä¸‹é™ï¼ˆè¡¥å……表 2 ï¼‰ã€‚å…¨åŸºå› ç»„ç”²åŸºåŒ–åˆ†æžç¡®å®šäº† 146 个差异甲基化区域 (DMR)ï¼Œè¿™äº›åŒºåŸŸåœ¨æ•´ä¸ªç ”ç©¶äººç¾¤çš„æ²»ç–—åŽæ ·æœ¬ä¸ä¸€ç›´å‘生å˜åŒ–。其ä¸ç»å¤§å¤šæ•°ï¼ˆ140 DMRSï¼‰è¡¨çŽ°å‡ºç”²åŸºåŒ–å¢žåŠ ï¼ˆå›¾ 1Aä¸çš„示例,补充表3ä¸çš„全部细节 )。
图 1ï¼šåœ¨å„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…çš„æ™šæœŸç¼“è§£æ ·æœ¬ä¸å‘现的差异甲基化区域 (DMR) ( n  = 32)。
A在 32 个é…å¯¹æ ·æœ¬é›†ä¸ï¼Œåœ¨å››ä¸ªå·²è¯†åˆ«çš„ DMR(DMR å’Œæœ€è¿‘çš„åŸºå› ï¼Œå¦‚å›¾æ‰€ç¤ºï¼‰ä¸ï¼Œæ—©æœŸå’Œè¿›é£Ÿç¼“è§£æ ·æœ¬ä¹‹é—´ç”²åŸºåŒ–æ”¹å˜çš„例å。DMR ( n  = 146) 相对于BåŸºå› å’ŒC CpG 岛的ä½ç½®æ€»ç»“。Dæ ·æœ¬é›†ä¸ DMR 甲基化(β 值)的平å‡å˜åŒ–(全部,n  = 32),特别是血液肿瘤(Haem,n  = 25)和实体瘤(实体,n  = 7)。误差线代表 SEM。E已识别的 DMR ä¸ CpG ä½ç‚¹çš„ä½ç½®ï¼ˆn = 1045)在完整的 DMR 集(所有 DMR)和æˆäºº CCS ä¸ä¿ç•™çš„ DMR å集(ä¿ç•™çš„ DMR)相对于 EPIC é˜µåˆ—ä¸ CpG 的分布。18 个 DMR æ²¡æœ‰ç›¸å…³åŸºå› ï¼Œå› æ¤æ²¡æœ‰ä»£è¡¨ã€‚
鉴定的 DMR 在所有分æžçš„肿瘤类型ä¸è¡¨çŽ°å‡ºç›¸ä¼¼çš„ DNA 甲基化改å˜æ¨¡å¼ã€‚所有 146 个 DMR 在实体和血液æ¶æ€§è‚¿ç˜¤ä¸éƒ½è¡¨çŽ°å‡ºæ”¹å˜çš„ç”²åŸºåŒ–ï¼Œå…¶ä¸ 99.3% (145/146) 表现出相åŒæ–¹å‘的甲基化å˜åŒ–(补充表 4å’Œ5ï¼‰ã€‚â€‰å°½ç®¡æ ·æœ¬é‡å¾ˆå°ï¼Œä½†è‚¿ç˜¤ç±»åž‹ä¹‹é—´çš„差异没有统计å¦æ„义(表 4,ANOVA p = 0.11)。实体瘤患者的甲基化å˜åŒ–略高(6.2% vs. 4.2%,图 1D),大多数 DMR (74.0%, 108/146 DMR) 在该组ä¸è¡¨çŽ°å‡ºæ›´å¤§çš„ç»å¯¹ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–。这å¯èƒ½æ˜¯æ¥è‡ªå®žä½“瘤患者的åˆå§‹æ ·æœ¬æ˜¯çœŸæ£é¢„æ²»ç–—çš„ç»“æžœï¼Œè€Œå¯¹äºŽè¡€æ¶²ç™Œç—‡ï¼Œç¬¬ä¸€ä¸ªæ ·æœ¬åœ¨æ²»ç–—æ•°å‘¨åŽå¤„于åˆå§‹ç¼“解状æ€ï¼ˆè¡¨ 1)。
表 4 儿童癌症患者ä¸æŒ‰ç™Œç—‡ç±»åž‹åˆ’分的治疗åŽå¹³å‡ DMR 甲基化å˜åŒ– (n = 146)
DMRç›¸å¯¹äºŽåŸºå› ä½ç½®å’ŒCpGå²›çš„åŸºå› ç»„ä½ç½®å¦‚图 1所示。已鉴定的 DMR 内 50.5% çš„ CpG ä½ç‚¹ä½äºŽæˆ–æŽ¥è¿‘åŸºå› å¯åŠ¨ååŒºåŸŸï¼ˆå³ TSS(转录起始ä½ç‚¹ï¼‰å’Œç¬¬ä¸€ä¸ªå¤–显å,图 1B),其余 DMR åœ¨æ•´ä¸ªåŸºå› çš„å¤šä¸ªä½ç½®é‰´å®šã€‚一个å集与任何表达的åºåˆ—没有明确的关è”(n  = 18)。与整个 EPIC 阵列上的ä½ç‚¹ç›¸æ¯”,TSS200 内的ä½ç‚¹ï¼ˆTSS 上游 200 bp)和第一个外显å富集了 DMR(图 1E,χ² p < 0.001 ,补充 表 6),并且也更有å¯èƒ½åœ¨å²›å±¿å’Œå—北海岸,(χ² p  < 0.001,补充表 7,海岸定义为 CpG å²›å‰åŽçš„ 2 Kb)。DMR åˆ†å¸ƒåœ¨æ•´ä¸ªåŸºå› ç»„ä¸ï¼ˆå›¾ 2),在 1 å·æŸ“色体上有两个明显的簇(p36.33-p36.32ï¼›10 个 DMR 的簇(n  = 47 个 CpG ä½ç‚¹ï¼Œ2.4 Mb 区域),其ä¸æœ‰ 6 个作图PRDM16åŸºå› ï¼‰å’Œ 6 å·æŸ“色体(p21.33-32ï¼›ä¸€ç»„æ˜ å°„åˆ° HLA 区域的八个 DMR(n =  128 个 CpG ä½ç‚¹ï¼Œ3.1 Mb 区域))。
图 2:儿童癌症患者åŽæœŸç¼“è§£æ ·æœ¬ä¸å‘现的 DMR 的染色体ä½ç½®ï¼ˆn  = 32)。
1-22 å·æŸ“色体上 DMR çš„åŸºå› ç»„ä½ç½®ç”¨çº¢è‰²åž‚直线表示。å‘现 DMR 分布在所有 22 æ¡å¸¸æŸ“色体上,但在 1 å·å’Œ 6 å·æŸ“色体上有两个明显的簇。未显示 X/Y æ€§æŸ“è‰²ä½“ï¼Œå› ä¸ºå®ƒä»¬è¢«æŽ’é™¤åœ¨å·®å¼‚ç”²åŸºåŒ–åˆ†æžä¹‹å¤–。æ’图ä¸æ›´è¯¦ç»†åœ°æ˜¾ç¤ºäº† 1 å·å’Œ 6 å·æŸ“色体上的 DMR ç°‡ã€‚ç‰¹å®šåŸºå› çš„ä½ç½®æ˜¾ç¤ºåœ¨æŸ“色体簇é¢æ¿ä¸Šã€‚染色体æ¡å¸¦çš„大å°ä»¥å…†ç¢±åŸº (Mb) 为å•ä½ã€‚N/A è¡¨ç¤ºæ²¡æœ‰ç›¸å…³åŸºå› ã€‚Chr 染色体,Mb 兆碱基。
改å˜çš„ DNA 甲基化在æˆå¹´å¹¸å˜è€…ä¸å¤åˆ¶
åœ¨ç ”ç©¶ 1 ä¸ç¡®å®šçš„ 146 个 DMR 的甲基化模å¼åœ¨æˆå¹´ CCS ä¸ç›¸å¯¹äºŽå¹´é¾„匹é…çš„å¯¹ç…§äººç¾¤ï¼ˆç ”ç©¶ 2)进行了评估,以确定治疗åŽç¡®å®šçš„甲基化差异是å¦åœ¨æˆå¹´å¹¸å˜è€…ä¸å¤åˆ¶. 如果相åŒåŒºåŸŸåœ¨æˆå¹´å¹¸å˜è€…和对照组之间表现出显ç€å·®å¼‚,具有相åŒçš„å˜åŒ–æ–¹å‘并且ç»å¯¹å·®å¼‚è‡³å°‘ä¸ºç ”ç©¶ 1 ä¸çœ‹åˆ°çš„大å°çš„ 50%,则认为 DMR 是é‡å¤çš„。通过关注 146 DMRs,分æžçš„力é‡å¾—到了增强,å‡é˜³æ€§çš„识别å‡å°‘äº†ï¼ˆä¸Žä½¿ç”¨è¿™ä¸ªæ ·æœ¬æ•°é‡çš„å…¨åŸºå› ç»„åˆ†æžç›¸æ¯”)。æˆå¹´å¹¸å˜è€…队列ä¸ç™Œç—‡è¯Šæ–å’Œ DNA é‡‡æ ·ä¹‹é—´çš„å¹³å‡æŒç»æ—¶é—´ä¸º 22.3 年(表 2)。很å¯èƒ½ï¼Œæ˜Žæ˜¾æ”¹å˜çš„甲基化的å¤åˆ¶å¯èƒ½ç»§å‘äºŽç ”ç©¶ 1 ä¸æ²»ç–—åŽè§‚察到的å‡å°‘çš„ B 淋巴细胞部分的ä¿ç•™ã€‚然而,与对照组相比,æˆäºº CCS 没有显示出 B 淋巴细胞分数的任何å‡å°‘(补充表 2)。在æˆäºº CCS ä¸è§‚察到 CD4+ T 细胞有少é‡ä½†å…·æœ‰ç»Ÿè®¡å¦æ„义的å‡å°‘(0.12 对 0.14,p  = 0.01ï¼‰ï¼Œå› æ¤æ‰€æœ‰åŽç»åˆ†æžéƒ½é’ˆå¯¹ç»†èƒžç±»åž‹åˆ†å¸ƒçš„差异(除了年龄和性别)进行了调整。大多数 DMR åœ¨è¯¥æ ·æœ¬é›†ä¸è¢«å¤åˆ¶ï¼ˆ73% (107/146),æˆäºº CCS ä¸Žéž CCS 对照相比在甲基化方é¢è¡¨çŽ°å‡ºç»Ÿè®¡å¦ä¸Šçš„显ç€å·®å¼‚(图 3Aä¸çš„示例,表ä¸çš„å‰ 20 个 DMR) 5,补充表 3和补充图 1ä¸çš„全部细节)。æ¤å¤–,æˆäºº CCS(与æˆäººå¯¹ç…§ï¼‰ä¸ 107 个é‡å¤ DMR 的甲基化水平密切åæ˜ äº†åœ¨æ²»ç–—åŽï¼ˆæ™šæœŸç¼“解)儿童癌症患者ä¸è§‚察到的甲基化改å˜ç¨‹åº¦ï¼ˆå³ï¼Œå®ƒä»¬èšé›†åœ¨è“色虚线周围)代表图3Bä¸ä¸¤ç»„的相åŒç”²åŸºåŒ–å˜åŒ– ),这æ„味ç€åœ¨æ²»ç–—åŽçš„儿童癌症患者ä¸å‘现的改å˜çš„ DNA 甲基化å¯èƒ½åœ¨å¾ˆå¤§ç¨‹åº¦ä¸Šæ˜¯ç¨³å®šçš„,并且在治疗åœæ¢å¤šå¹´åŽä»ä¿æŒä¸å˜ã€‚DMR ä¸ç‰¹å®š CpG ä½ç‚¹çš„差异甲基化水平在æˆå¹´å¹¸å˜è€…(与对照)ä¸ä¹Ÿç›¸ä¼¼ï¼Œæ£å¦‚åœ¨ç ”ç©¶ 1 ä¸æ²»ç–—åŽæ ·å“ä¸æ‰€è§ï¼ˆè¡¥å……图 2)。与éžå¤åˆ¶çš„ DMR 相比,å¤åˆ¶çš„ DMR ä¸ CpG çš„åŸºå› ç»„æˆ–å²›ä½ç½®æ²¡æœ‰æ˜¾ç€å·®å¼‚(补充表 6å’Œ7)。与 DMR 处的频ç¹å·®å¼‚甲基化相å,相对于对照,åªæœ‰ 47.7% çš„éž DMR 相关 DMP 在 CCS ä¸å‘生差异甲基化(补充表 8)。
图 3:DMR ä¿ç•™åœ¨æˆäºº CCS ä¸å¹¶ä¸Žè¿‡æ—©æ»äº¡æœ‰å…³ã€‚
显示了四个代表性 DMRçš„Beta 值,以说明儿童癌症患者 ( n  = 32) 与æˆäººå¯¹ç…§ ( n  = 284) å’Œæˆäºº CCS ( n = 32)。箱线图显示了å„个组ä¸ç‰¹å®š DMR 处甲基化的相对分布,点说明了å„ä¸ªæ ·å“ä¸çš„特定值。å‰ä¸¤ä¸ªé¢æ¿ï¼ˆHOXA4 å’Œ ITGA2B åŸºå› åº§çš„ DMRï¼‰åœ¨ä¸¤ä¸ªå¯¹ç…§æ ·å“组ä¸æ˜¾ç¤ºç›¸ä¼¼æ°´å¹³çš„ç”²åŸºåŒ–ï¼Œåœ¨æ™šæœŸç¼“è§£æ ·å“å’Œæˆäºº CCS ä¸ç”²åŸºåŒ–å¢žåŠ ç›¸ä¼¼ã€‚åº•éƒ¨ä¸¤ä¸ªé¢æ¿ï¼ˆCCER2 å’Œ MAMDC2 åŸºå› åº§å¤„çš„ DMRSï¼‰æ˜¾ç¤ºäº†ä¸¤ä¸ªå¯¹ç…§æ ·å“组ä¸ç”²åŸºåŒ–时间ä¾èµ–æ€§å¢žåŠ çš„ç¤ºä¾‹ï¼Œä½†åœ¨æ™šæœŸç¼“è§£æ ·å“å’Œæˆäºº CCS ä¸ä¸Žå®ƒä»¬å„自的对照相比具有相似大å°çš„å¢žåŠ ã€‚B 儿童癌症患者(早期与晚期缓解,n = 32)和 æˆäºº CCS (n = 32; 与æˆäººå¯¹ç…§ç›¸æ¯”,n  = 284)。æ¯ä¸ªç‚¹éƒ½æ˜¾ç¤ºäº†ä¸Žæ¯ä¸ª DMR æœ€æŽ¥è¿‘çš„åŸºå› ã€‚ä¸‰è§’å½¢è¡¨ç¤º DMR æ²¡æœ‰ç›¸å…³åŸºå› ã€‚ä¸Žæœ€åˆåœ¨æ²»ç–—åŽå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…ä¸å‘现的å˜åŒ–相比,虚线上方的 DMR å¢žåŠ äº†æˆäºº CCS ä¸çš„ DNA 甲基化,而虚线下方的那些在 CCS ä¸ç”²åŸºåŒ–较低。DMR90( DUSP6åŸºå› åº§ï¼‰çš„C DNA 甲基化与æˆäºº CCS çš„æ»äº¡çŽ‡ç›¸å…³ï¼ˆn  = 32:活ç€çš„n  = 25,已故的n  = 7)。如图所示,æˆäºº CCS ( n  = 32) å’Œæˆäººå¯¹ç…§ ( n  = 284)在 DMR90 å¤„çš„å¹³å‡ Î² 甲基化显示。调整åŽçš„线性回归p- 显示了所有æˆäººç—…例和对照 (a) 以åŠæ´»ç€çš„æˆäºº CCS 与已故的æˆäºº CCS (b) 之间的差异值。
表 5 CCS 和对照组之间ç»å¯¹å·®å¼‚最大的 20 个ä¿ç•™çš„ DMR。
一部分淋巴瘤幸å˜è€… ( n  = 8) å‡ ä¹Žè‚¯å®šä¼šä¸»è¦æŽ¥å—æ”¾å°„æ²»ç–—ï¼ˆå› ä¸ºä»–ä»¬åœ¨ 1970 å¹´å‰è¢«è¯Šæ–出æ¥ï¼Œç„¶åŽæ‰å¼€å§‹æŽ¥å—è¿™ç§ç–¾ç—…的化疗)。它们在 DMR ä¸è¡¨çŽ°å‡ºç±»ä¼¼çš„甲基化改å˜ã€‚这些个体ä¸ç”²åŸºåŒ–改å˜çš„程度通常较低,尽管这ç§å·®å¼‚没有统计å¦æ„义(补充表 9)。
æˆå¹´å„¿ç«¥ç™Œç—‡å¹¸å˜è€…的表观é—ä¼ è¡°è€åŠ 速
ä¸ºäº†ç ”ç©¶æš´éœ²äºŽç™Œç—‡æ²»ç–—æ˜¯å¦ä¸ŽåŠ 速表观é—ä¼ è¡°è€ç›¸å…³ï¼Œæˆ‘们使用皮肤-è¡€æ¶²ç”²åŸºåŒ–æ—¶é’Ÿè¯„ä¼°äº†ä¸Šè¿°æ ·æœ¬é›†ã€‚åœ¨æŽ¥å—æ²»ç–—çš„å„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…ï¼ˆç ”ç©¶ 1)ä¸ï¼Œæ²¡æœ‰åŠ 速衰è€çš„è¯æ®ï¼Œäº‹å®žä¸Šï¼Œæ²»ç–—结æŸæ—¶çš„æ ·æœ¬è¡¨çŽ°å‡ºè¡¨è§‚é—ä¼ å¹´é¾„çš„å‡å°‘(平å‡å‡å°‘è¡°è€ 1.1 å²ï¼Œé…对t检验p  = 0.003 , 表 1 )。相比之下,与对照组相比,æˆå¹´å¹¸å˜è€…äººç¾¤è¡¨çŽ°å‡ºæ˜Žæ˜¾çš„å¹´é¾„åŠ é€Ÿï¼ˆå¹³å‡å¹´é¾„åŠ é€Ÿ +5.5 å²ï¼ˆ95% CI 4.32, 6.61, p FDR  < 0.001,补充表 10)。个体æˆäºº CCS çš„å¹´é¾„åŠ é€Ÿå’Œå¹³å‡ DMR å˜åŒ–之间没有显ç€ç›¸å…³æ€§ï¼ˆr  = 0.31,p  = 0.09,表 2),并且 DMR 内的 CpG ä½ç‚¹ä¸Žå¯¹ç…§äººç¾¤çš„年龄没有显ç€ç›¸å…³æ€§ï¼ˆè¡¥å……图 2) 3),表明这两ç§è¡¨è§‚é—ä¼ å˜åŒ–的测é‡åœ¨å¾ˆå¤§ç¨‹åº¦ä¸Šæ˜¯ç‹¬ç«‹çš„。
与皮肤-血液时钟相比,GrimAge 甲基化时钟(专门设计用于预测æ»äº¡é£Žé™©ï¼‰æ²¡æœ‰æ˜¾ç¤ºå‡ºä»»ä½•æ˜¾ç€çš„å¹´é¾„åŠ é€Ÿã€‚åœ¨æˆäºº CCS 群体ä¸è§‚察到替代 DNA ç”²åŸºåŒ–ç”Ÿç‰©æ ‡å¿—ç‰©çš„æ˜¾ç€å·®å¼‚(包括:更高的 ADMã€B2Mã€èƒ±æŠ‘ç´ Cã€ç˜¦ç´ ã€PAI1ã€TIMP1 å’Œå‡å°‘的端粒长度,补充表 10),并且在æ¯ç§æƒ…况下,这些都在方å‘上改å˜ä»¥å‰ä¸Žæ…¢æ€§ç—…å‘展的å¯èƒ½æ€§æ›´é«˜æœ‰å…³ã€‚
差异 DNA 甲基化和晚年å¥åº·ç»“æžœ
æˆäºº CCS 表现出更高的二次癌症å‘病率和早期æ»äº¡çŽ‡ã€‚与æ¤ä¸€è‡´ï¼Œæœ¬ç ”究ä¸ä¸‰åˆ†ä¹‹ä¸€çš„æˆäºº CCS å‘展为第二原å‘性æ¶æ€§è‚¿ç˜¤ï¼ˆ10/32ï¼›31%),五分之一的人(7/32ï¼›22%)在相对年轻的年龄(ä¸ä½å¹´é¾„ 48 å²ï¼ŒèŒƒå›´ 23-63 å²ï¼Œä¸ä½éšè®¿ 15.8 年)。ç»åŽ†ç¬¬äºŒæ¬¡æ¶æ€§è‚¿ç˜¤æˆ–å·²ç»æ»äº¡çš„ CCS 在人å£ç»Ÿè®¡å¦ä¸Šä¸Žå…¶ä»–幸å˜è€…没有差异(补充表 11)。第二ç§ç™Œç—‡ä¸Ž DMR 甲基化或表观é—ä¼ å¹´é¾„åŠ é€Ÿæ— å…³ã€‚ç„¶è€Œï¼Œéšè®¿ä¸æ»äº¡çš„å‚ä¸Žè€…çš„å¹³å‡ DMR 甲基化有更高的趋势(6.9% 对 5.1%),对å•ä¸ª DMR 的分æžç¡®å®šäº† DMR90(DUSP6)与æ»äº¡çŽ‡æ˜¾ç€ç›¸å…³ï¼Œå³ä½¿åœ¨å¤šæ¬¡æµ‹è¯•æ ¡æ£åŽï¼ˆp FDR < 0.001,图 3C和补充表 12)。æ¤å¤–,CCS 组的已故æˆå‘˜ä¸Žå¹¸å˜æˆå‘˜ä¹‹é—´å˜åœ¨æ˜¾ç€çš„å¹´é¾„åŠ é€Ÿï¼ˆ8.8 å²ï¼Œp  < 0.001),特别是对于 GrimAge 时钟(补充表 13)。这æ供了åˆæ¥çš„潜在è¯æ®ï¼Œè¡¨æ˜Žæ”¹å˜çš„ DNA 甲基化å¯ä»¥é¢„测 CCS 人群ä¸æŸäº›é‡è¦çš„å¥åº·ç»“果。
讨论
儿童癌症患者在以åŽçš„生活ä¸è¡¨çŽ°å‡ºä¸è‰¯å¥åº·åŽæžœçš„é£Žé™©å¤§å¤§å¢žåŠ ã€‚æˆ‘ä»¬å‡è®¾ DNA 甲基化的å˜åŒ–å¯èƒ½å¯¼è‡´ CCS ä¸æ…¢æ€§ç–¾ç—…æ°´å¹³çš„å¢žåŠ ã€‚åœ¨è¿™é‡Œï¼Œæˆ‘ä»¬å±•ç¤ºäº†æŠ—ç™Œæ²»ç–—åŽå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…çš„å…¨åŸºå› ç»„ DNA 甲基化显ç€æ”¹å˜ã€‚大多数 DMR 在诊æ–åŽ 10-38 å¹´çš„æˆäºº CCS ä¸ä¹Ÿå¾ˆæ˜Žæ˜¾ã€‚这些å˜åŒ–在ä¸åŒç™Œç—‡ç±»åž‹å’Œå¯èƒ½æŽ¥å—ä¸åŒæ²»ç–—(ä¸åŒåŒ–疗方案和/或放疗)的患者ä¸æ˜¯ä¸€è‡´çš„ã€‚è™½ç„¶å¯¹æ ·æœ¬ç”¨äºŽç ”ç©¶ 1 的患者的治疗å˜åœ¨ä¸€äº›é‡å (例如,所有患者的治疗方案都包å«æ‹“æ‰‘å¼‚æž„é…¶æŠ‘åˆ¶å‰‚ï¼‰ï¼Œä¸Žç»™äºˆç ”ç©¶ 2 ä¸æ‚£è€…çš„æ²»ç–—å‡ ä¹Žæ²¡æœ‰é‡å ,其ä¸åŒ…括å¯èƒ½ä»…接å—放射治疗的患者åé›†ã€‚å› æ¤ï¼Œå·²ç¡®å®šçš„ DMR 甲基化改å˜å¯èƒ½åœ¨å¾ˆå¤§ç¨‹åº¦ä¸Šä¸Žæ²»ç–—ç±»åž‹æ— å…³ã€‚ç„¶è€Œï¼Œç”±äºŽè¯¥ç ”ç©¶çš„è®¾è®¡ï¼ˆæˆ–åŠ¨åŠ›ï¼‰å¹¶æœªç¡®å®šä¸Žç‰¹å®šè¯ç‰©æ²»ç–—相关的å˜åŒ–ï¼Œå› æ¤ä¸èƒ½æŽ’除这ç§æ²»ç–—特异性甲基化å˜åŒ–çš„å¯èƒ½æ€§ã€‚
ä¸Žæ—©æœŸæ ·æœ¬ç›¸æ¯”ï¼Œå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…ï¼ˆç ”ç©¶ 1ï¼‰åœ¨æ™šæœŸæ²¡æœ‰æ˜¾ç¤ºå‡ºå¹´é¾„åŠ é€Ÿçš„è¯æ®ï¼Œä½†æ˜¯ï¼Œåœ¨æˆäºº CCS 人群ä¸å¹´é¾„åŠ é€Ÿæ˜Žæ˜¾æ˜Žæ˜¾ï¼ˆç ”ç©¶ 2)。由于 DMR ç”²åŸºåŒ–ä»…ä¸ŽåŠ é€Ÿçš„è¡¨è§‚é—ä¼ è¡°è€å¾®å¼±ç›¸å…³ï¼Œè¿™è¡¨æ˜Ž CCS å¯èƒ½è¡¨çŽ°å‡ºä¸¤ç§ä¸åŒçš„表观é—ä¼ å¼‚å¸¸ã€‚å¤§é‡å·®å¼‚ç”²åŸºåŒ–åŸºå› ä¸Žæ²»ç–—å¯†åˆ‡ç›¸å…³ï¼Œç„¶åŽé•¿æœŸä¿ç•™ï¼ˆè‡³å°‘å‡ å年),以åŠå¯¼è‡´æ²»ç–—åŽå¹¸å˜è€…åŠ é€Ÿè¡¨è§‚é—ä¼ è¡°è€çš„ DNA 甲基化改å˜ã€‚我们目å‰çš„ç ”ç©¶æ供了åˆæ¥è¯æ®ï¼Œè¡¨æ˜Žè¿™äº›ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–å¯èƒ½ä¸ŽéšåŽçš„患者结果相关,但更大,最好是纵å‘的,暴露于ä¸åŒç–—æ³•åŽ DNA 甲基化æŒç»å˜åŒ–的一个潜在解释是,这些åæ˜ äº†å¯¹æ£å¸¸ç»†èƒžäºšç¾¤çš„选择,这些亚群更能在暴露于细胞毒性治疗/细胞应激下å˜æ´»ã€‚与我们鉴定的 DMR ç›¸å…³çš„ä¸€äº›åŸºå› å…ˆå‰å·²è¢«æ述为在暴露于化å¦ç–—法åŽç”²åŸºåŒ–å‘生改å˜ã€‚例如,我们之å‰å·²ç»ç¡®å®šï¼Œåœ¨æˆäººå’Œå„¿ç«¥ ALL çš„ç¼“è§£æ ·æœ¬ä¸ï¼Œæš´éœ²äºŽåŒ–å¦ç–—法会导致HOXA4åŸºå› åº§ DNA 甲基化水平å‡é«˜ï¼Œè¿™é‡Œå¤åˆ¶äº†ä¸€ä¸ªå‘现。æ¤å¤–,我们已ç»è¯æ˜Žï¼Œæ²»ç–—慢性淋巴细胞白血病患者会导致选择白血病细胞ä¸è®¸å¤šåŸºå› 的甲基化改å˜ï¼ŒåŒ…括HOXA4的高甲基化。HOXA4 表达的æ¢å¤ä½¿ CLL 细胞对多ç§æ²»ç–—剂é‡æ–°æ•æ„Ÿï¼Œä»Žè€Œç¡®å®šäº† HOXA4 在控制对具有ä¸åŒä½œç”¨æœºåˆ¶çš„化å¦æ²»ç–—剂的æ•æ„Ÿæ€§æ–¹é¢çš„直接作用。类似地,将æ£å¸¸ç»†èƒžæš´éœ²äºŽæŠ—癌剂å¯èƒ½ä¼šé€‰æ‹©å‡ºå…·æœ‰ç”²åŸºåŒ–模å¼çš„细胞亚群,这些细胞亚群与对细胞æŸä¼¤/åº”æ¿€çš„æŠµæŠ—åŠ›å¢žåŠ ç›¸å…³ï¼Œä»Žè€Œå¯¼è‡´å¯¹ä¸åŒç»†èƒžæ¯’剂的å“应相似的甲基化å˜åŒ–。
我们确定了一组在治疗åŽè¡¨çŽ°å‡ºä¸€è‡´å˜åŒ–çš„ DMR,尽管患者之间甲基化å˜åŒ–çš„ç»å¯¹å¹…度ä¸åŒã€‚è¿™é¡¹ç ”ç©¶æ— æ³•ç¡®å®šè¿™ç§å˜å¼‚çš„æ ¹æœ¬åŽŸå› ï¼Œè¿™å¯èƒ½åæ˜ äº†ä¸ªä½“é—´çš„å·®å¼‚ã€ä¸åŒçš„疗法或ä¸åŒçš„肿瘤类型。在实体瘤与血液癌症ä¸è§‚察到甲基化改å˜çš„è¾ƒå¤§å·®å¼‚ã€‚ç„¶è€Œï¼Œå®žä½“ç˜¤ä¹Ÿå› é¦–æ¬¡é‡‡é›†æ ·æœ¬çš„æ—¶é—´è€Œå¼‚ï¼ˆå®žä½“ç˜¤é€šå¸¸æŽ¥è¿‘è¯Šæ–,但血液系统æ¶æ€§è‚¿ç˜¤ç¼“解åŽï¼‰ã€‚æ¤å¤–,当分æžè¢«é™åˆ¶ï¼Œäº‹åŽï¼Œä»…é™äºŽæ‰€æœ‰æ ·æœ¬æ—¶ï¼Œç¡®å®šäº†åˆå§‹æ ·æœ¬çš„时间与甲基化å˜åŒ–的总体水平之间的相关性(数æ®æœªæ˜¾ç¤ºï¼‰ï¼Œè¿™è¡¨æ˜Žåˆå§‹æ ·æœ¬çš„时间å¯èƒ½æ˜¯ DMR 处甲基化å˜åŒ–ç»å¯¹å¤§å°çš„é‡è¦å†³å®šå› ç´ ã€‚ä½†æ˜¯ï¼Œæ— è®ºåˆå§‹æ ·æœ¬çš„时间如何,都å¯ä»¥çœ‹åˆ°åŒä¸€ç»„ DMR çš„å˜åŒ–。
æˆ‘ä»¬ç¡®å®šäº†ä¸Žç™Œç—‡ç›¸å…³çš„åŸºå› çš„å·®å¼‚ç”²åŸºåŒ–ï¼Œä¾‹å¦‚æ·‹å·´ç˜¤ï¼ˆWNT6ã€TP73å’ŒCD37 ) ã€ç™½è¡€ç—…(MEIS1ã€HOXA4å’ŒHOXA5 ) 或神ç»æ¯ç»†èƒžç˜¤ï¼ˆTP73 ),以åŠä¸Žå¿ƒè¡€ç®¡ç–¾ç—…ç›¸å…³çš„åŸºå› ï¼ˆUCNã€PRDM16ã€TCAPã€ALOX5)。这å¯èƒ½è¡¨æ˜Žæ²»ç–—è¯±å¯¼çš„è¿™äº›åŸºå› åº§å†…çš„ DNA 甲基化å¯èƒ½ç›´æŽ¥å¯¼è‡´ CCS ä¸ä¸€äº›å…³é”®çš„å±åŠç”Ÿå‘½çš„晚期å¥åº·å½±å“,例如继å‘性æ¶æ€§è‚¿ç˜¤æˆ–心血管疾病。未æ¥çš„ç ”ç©¶å°†éœ€è¦ç›´æŽ¥è¯„估已鉴定的甲基化å˜åŒ–对连é”åŸºå› è¡¨è¾¾çš„å½±å“。由于甲基化å˜åŒ–在 2-13% 的范围内,å•ç»†èƒžæ°´å¹³çš„微调分æžå¯èƒ½æ¯”检查对大å—组织ä¸åŸºå› 表达的影å“更有洞察力。æ¤å¤–,有必è¦å¯¹å¯èƒ½å‚与晚期å¥åº·å½±å“çš„å€™é€‰åŸºå› è¿›è¡ŒåŠŸèƒ½åˆ†æžï¼Œä»¥æ£€æŸ¥ DNA 甲基化改å˜ä¸Ž CCS ç–¾ç—…ä¹‹é—´çš„æ½œåœ¨å› æžœå…³ç³»ã€‚
Lyon ç‰äººé¦–å…ˆæ出了癌症治疗引起的甲基化å˜åŒ–å¯èƒ½å½±å“长期å¥åº·çš„å‡è®¾ã€‚然而,éšåŽå¯¹è¯¥å‡è®¾çš„实验测试å—到é™åˆ¶ã€‚这是第一项检查化疗åŽç”²åŸºåŒ–急性å˜åŒ–çš„ç ”ç©¶ï¼Œä»¥åŠåŒä¸€ä½ç‚¹çš„甲基化是å¦åœ¨æˆå¹´ç™Œç—‡å¹¸å˜è€…ä¸ä¹Ÿå˜åœ¨å·®å¼‚。少数先å‰çš„ç ”ç©¶ä¸“é—¨ç ”ç©¶äº†å¹¸å˜è€…群体ä¸çš„ DNA 甲基化。这些主è¦é›†ä¸åœ¨è¡¨è§‚é—ä¼ è¡°è€ä¸Šï¼Œå¹¶ä¸”ä¸Žæœ¬ç ”ç©¶ä¸€è‡´ï¼Œå·²ç¡®å®šç™Œç—‡å¹¸å˜è€…çš„åŠ é€Ÿè¡°è€ ã€‚Song ç‰äººæœ€è¿‘çš„ä¸€é¡¹ç ”ç©¶ã€‚è¿˜è¿›è¡Œäº†ä¸€é¡¹è¡¨è§‚åŸºå› ç»„å…³è”ç ”ç©¶ (EWAS),以确定在给予特定治疗或治疗组åˆçš„患者ä¸è¡¨çŽ°å‡ºå·®å¼‚甲基化的特定 CpG ä½ç‚¹ã€‚他们确定了 935 个与个体治疗相关的 CpG ä½ç‚¹å’Œ 224 个与è¯ç‰©ç»„åˆæš´éœ²ç›¸å…³çš„ CpG ä½ç‚¹ã€‚两组ä½ç‚¹éƒ½ä¸Žæœ¬ç ”究ä¸ç¡®å®šçš„ CpG ä½ç‚¹è¡¨çŽ°å‡ºé«˜åº¦æ˜¾ç€çš„é‡å ,尤其是与è¯ç‰©ç»„åˆç›¸å…³çš„那些ä½ç‚¹ï¼ˆ36/224, 16.1% é‡å ,p  < 1 × 10 -50(Fisher 精确检验),所有差异在匹é…çš„ CpG ä½ç‚¹æœåŒä¸€æ–¹å‘改å˜ï¼‰ï¼Œè¿›ä¸€æ¥è¡¨æ˜Žè¿™äº›ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–是暴露于剧毒抗癌疗法的一致åŽæžœã€‚
特别令人感兴趣的是在PRDM16åŸºå› ä¸é‰´å®šçš„ DMR 簇。除了与心血管疾病有关外,PRDM16 缺ä¹è¿˜ä¸Žçº¤ç»´åŒ–çš„å‘展有关,而纤维化与多ç§ä¸Žå¹´é¾„相关的慢性疾病有关,而PRDM16甲基化与肥胖有关。æ¤å¤–,PRDM16 å·²è¢«ç¡®å®šä¸ºé€ è¡€å¹²ç»†èƒž (HSC) 的关键控制器,其作用是抑制 HSC å¢žæ®–ã€‚å› æ¤ï¼Œè¯¥åŸºå› 甲基化的改å˜å¯èƒ½ä¸Žåœ¨æŽ¥å—治疗åŽéœ€è¦é‡æ–°å¡«å……é€ è¡€åŒºå®¤æœ‰å…³ï¼Œè¿™éœ€è¦ä¸‹è°ƒ PRMD16 的表达。潜在地,与 PRDM16 表达下调相关的甲基化å˜åŒ–å¯èƒ½å¯¼è‡´ PRDM16 表达é™ä½Žçš„稳定和éšä¹‹è€Œæ¥çš„长期组织功能障ç¢ã€‚
å°½ç®¡è¯¥ç ”ç©¶æ— æ³•è¯„ä¼° DNA 甲基化å˜åŒ–与临床结果之间的关è”,但结果æ供了一些åˆæ¥è¯æ®ï¼Œè¡¨æ˜Žç”²åŸºåŒ–改å˜çš„程度å¯èƒ½ä½œä¸ºå…³é”®ä¸´åºŠç»ˆç‚¹çš„æ ‡å¿—ç‰©ã€‚å¹³å‡ DMR 甲基化与寿命相关,并且在一个特定 DMR(在DUSP6åŸºå› åº§ï¼‰å¤„çš„ç”²åŸºåŒ–å…·æœ‰ç»Ÿè®¡å¦æ„义,å³ä½¿åœ¨å¤šæ¬¡æµ‹è¯•æ ¡æ£åŽä¹Ÿæ˜¯å¦‚æ¤ã€‚需è¦æ›´å¤§è§„æ¨¡çš„ç ”ç©¶æ¥æ£ç¡®è¯„估改å˜çš„ DNA 甲基化与 CCS ä¸å¢žåŠ 的特定慢性疾病之间的è”系。
è¿™é¡¹ç ”ç©¶çš„ä¸€ä¸ªä¼˜åŠ¿æ˜¯å¤šå±‚æ–¹æ³•ï¼Œå®ƒåˆ©ç”¨äº†ä¸¤ä¸ª CCS æ•°æ®é›†å’Œè¡¨è§‚é—ä¼ æ•°æ®ï¼Œè¿˜åŒ…括æˆäºº CCS 的长期éšè®¿æ•°æ®ï¼Œä»¥åŠç”Ÿå˜å’Œä¸´åºŠç»“果。与所有观察性æµè¡Œç—…å¦ç ”ç©¶ä¸€æ ·ï¼Œç”Ÿæ´»æ–¹å¼ç‰æ— 法测é‡çš„å› ç´ å¯èƒ½ä¼šé€ æˆæ®‹ä½™æ··æ‚。检查儿童癌症ç‰ç½•è§ç–¾ç—…时的一个é™åˆ¶æ˜¯æ ·æœ¬é‡å°ã€‚åœ¨è¿™é¡¹ç ”ç©¶ä¸ï¼Œç ”究 2 ä¸åŒ…å«çš„æˆäºº CCS çš„æ•°é‡èƒ½å¤Ÿè¯å®žç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–çš„å¤åˆ¶ï¼Œè¿™éžå¸¸æ¸…楚地检测到,但ä¸è¶³ä»¥è¯„ä¼° CCS 群体ä¸æ”¹å˜çš„ DNA 甲基化与特定慢性å¥åº·çŠ¶å†µã€‚
æœ¬ç ”ç©¶çš„å±€é™æ€§åŒ…æ‹¬ç ”ç©¶ 1 ä¸åˆå§‹æ ·æœ¬çš„异质性(肿瘤类型和疗法)和相对较å°çš„æ ·æœ¬é‡ã€‚è¯¥ç ”ç©¶çš„ç›®çš„ä¸æ˜¯ç¡®å®šä»¥è¯ç‰©ç‰¹å¼‚性方å¼è¯±å¯¼çš„甲基化å˜åŒ–,但是这些å˜åŒ–å¯èƒ½ä¼šåœ¨æœªæ¥çš„ç ”ç©¶ä¸ä»¥æ›´å¤§çš„统计能力进行区分。由于儿童癌症患者通常采用å¤æ‚的多è¯å‰‚方法进行治疗,我们现在æ£åœ¨ç ”究使用å°é¼ 模型æ¥æ›´ç›´æŽ¥åœ°è¯„ä¼°è¯ç‰©ç‰¹å¼‚性甲基化å˜åŒ–。这也将有助于确定疾病本身是å¦ä¼šå¼•èµ·ä»»ä½•ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–ï¼Œè€Œä¸Žæ²»ç–—æ— å…³ã€‚åŒæ ·ï¼Œç ”究 2 å’Œç ”ç©¶ 1 ä¸åŒ…å«çš„癌症类型之间也没有é‡å ï¼Œç”¨äºŽæ²»ç–—ç ”ç©¶ 2 å‚与者的原始癌症的特定抗癌疗法尚ä¸æ¸…楚。虽然两项ä¸åŒç ”究ä¸é‡å 的甲基化差异强调了å¤åˆ¶åŸºå› 座的普é适用性,但ä»æœ‰å¯èƒ½ä¸€äº›æœªå¤åˆ¶çš„ DMR å¯èƒ½å¯¹ç ”究 1 ä¸çš„癌症治疗更具特异性。更大系列的未æ¥ç ”究将是有价值的识别与特定治疗方案和特定癌症类型相关的甲基化å˜åŒ–ã€‚è¿™é¡¹ç ”ç©¶çš„ç»“æžœä¹Ÿå¯èƒ½å—到其他å¯èƒ½å½±å“è¡¨è§‚åŸºå› ç»„çš„çŽ¯å¢ƒå› ç´ çš„å½±å“[ 一些未å¤åˆ¶çš„ DMR å¯èƒ½å¯¹ç ”究 1 ä¸çš„癌症治疗更具特异性。未æ¥æ›´å¤§ç³»åˆ—çš„ç ”ç©¶å¯¹äºŽç¡®å®šä¸Žç‰¹å®šæ²»ç–—æ–¹æ¡ˆå’Œç‰¹å®šç™Œç—‡ç±»åž‹ç›¸å…³çš„ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–å°†æ˜¯æœ‰ä»·å€¼çš„ã€‚è¿™é¡¹ç ”ç©¶çš„ç»“æžœä¹Ÿå¯èƒ½å—到其他å¯èƒ½å½±å“è¡¨è§‚åŸºå› ç»„çš„çŽ¯å¢ƒå› ç´ çš„å½±å“[ 一些未å¤åˆ¶çš„ DMR å¯èƒ½å¯¹ç ”究 1 ä¸çš„癌症治疗更具特异性。未æ¥æ›´å¤§ç³»åˆ—çš„ç ”ç©¶å¯¹äºŽç¡®å®šä¸Žç‰¹å®šæ²»ç–—æ–¹æ¡ˆå’Œç‰¹å®šç™Œç—‡ç±»åž‹ç›¸å…³çš„ç”²åŸºåŒ–å˜åŒ–å°†æ˜¯æœ‰ä»·å€¼çš„ã€‚è¿™é¡¹ç ”ç©¶çš„ç»“æžœä¹Ÿå¯èƒ½å—到其他å¯èƒ½å½±å“è¡¨è§‚åŸºå› ç»„çš„çŽ¯å¢ƒå› ç´ çš„å½±å“。然而,与癌症幸å˜è€…队列的éžå®šå‘ EWAS ç ”ç©¶ç›¸æ¯”ï¼Œåœ¨ç ”ç©¶ 1 ä¸ä½¿ç”¨æ‚£è€…体内设计,然åŽä¸“æ³¨äºŽåœ¨ç ”ç©¶ 2 ä¸å¤åˆ¶è¿™äº›ç‰¹å®šçš„甲基化å˜åŒ–,将显ç€é™ä½Žè¿™ç§é£Žé™©ã€‚我们还å‘çŽ°ä¸Žç‰¹å®šçŽ¯å¢ƒå› ç´ ï¼ˆä¾‹å¦‚ï¼Œè¡°è€ç”²åŸºåŒ–(补充图 3)或å¸çƒŸç›¸å…³çš„甲基化å˜åŒ–之间没有显ç€é‡å ,其ä¸æˆ‘们å‘çŽ°æœ¬ç ”ç©¶ä¸ç¡®å®šçš„ DMR 与元数æ®ä¸ç¡®å®šçš„ CpG ä½ç‚¹ä¹‹é—´æ²¡æœ‰ç»Ÿè®¡å¦ä¸Šæ˜¾ç€çš„é‡å 。 Joubert ç‰äººçš„分æž. 然而,我们ä¸èƒ½å®Œå…¨å¿½è§†å…¶ä»–未测é‡çš„çŽ¯å¢ƒå› ç´ çš„å½±å“。
è¿™é¡¹ç ”ç©¶çš„ç»“æžœå¯èƒ½å…·æœ‰æ½œåœ¨çš„临床效用。一个关键å‘现是儿童癌症患者/幸å˜è€…之间甲基化å˜åŒ–çš„ç›¸ä¼¼æ€§ï¼Œæ— è®ºç™Œç—‡ç±»åž‹ã€ä»–们接å—什么治疗或何时接å—治疗。这表明在暴露于细胞毒剂åŽï¼Œè®¸å¤šå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…å¯èƒ½å˜åœ¨ä¸€ç»„å…±åŒçš„甲基化å˜åŒ–ã€‚å› æ¤ï¼Œè¿™äº›å°†å¹¿æ³›é€‚用于评估儿童癌症患者的æ£å¸¸ç»†èƒžæ¯’性和潜在的长期å¥åº·å½±å“。鉴于所有特定类型的儿童癌症都很罕è§ï¼Œè¿™ç§å¯¹å¤šç§ç™Œç—‡ç±»åž‹çš„潜在适用性将是这些甲基化å˜åŒ–作为å‰çž»æ€§ä¸´åºŠæ ‡å¿—物的显ç€ä¼˜åŠ¿ã€‚例如,如果确定的甲基化å˜åŒ–被è¯æ˜Žå¯ä»¥é¢„测特定的晚期å¥åº·å½±å“,那么这些å¯ä»¥ç”¨äºŽç²¾å‡†åŒ»å¦æ–¹æ³•æ¥è¯†åˆ«é«˜é£Žé™©ä¸ªä½“并指导åŽç»æŠ¤ç†ã€‚æ¤å¤–,由于å¯ä»¥åœ¨æ²»ç–—æœŸé—´æµ‹é‡ DMR å¤„ç”²åŸºåŒ–çš„å¢žåŠ ï¼Œè¿™å¯èƒ½ç”¨äºŽè¯„ä¼°æ£åœ¨è¿›è¡Œçš„儿童癌症患者试验,以评估新的治疗方案或剂é‡é™çº§ç ”究是å¦ä¼šå¯¼è‡´è¾ƒä½Žæ°´å¹³çš„表观é—ä¼ æŸä¼¤ã€‚
æ€»ä½“è€Œè¨€ï¼Œè¿™äº›ç ”ç©¶ç»“æžœè¡¨æ˜Žï¼Œå„¿ç«¥ç™Œç—‡æ‚£è€…çš„æŠ—ç™Œæ²»ç–—å¯èƒ½ä¼šå¼•èµ·ä¸€ç»„一致的 DNA 甲基化å˜åŒ–,这些å˜åŒ–åœ¨å¾ˆå¤§ç¨‹åº¦ä¸Šä¸Žè‚¿ç˜¤ç±»åž‹æˆ–ç‰¹å®šæ²»ç–—æ— å…³ï¼Œè¿™äº›å˜åŒ–ä¿ç•™åœ¨æˆäºº CCS ä¸ï¼Œå¹¶å¯èƒ½ä¸Žä¸è‰¯å¥åº·ç»“果相关。这些å‘çŽ°ä¸ºåœ¨å¼€å‘ CCS 风险预测工具时利用多ç§ç”²åŸºåŒ–æ ‡è®°ï¼ˆDMR,组åˆæˆ–å•ç‹¬ï¼Œä»¥åŠè¡¨è§‚é—ä¼ å¹´é¾„åŠ é€Ÿï¼‰æ供了é‡è¦çš„空间。
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